微生物组学差异性检验

1. Adonis

vegan包置换多因素方差分析（非参数多因素方差分析），可对OTU矩阵及所有环境因子矩阵进行差异性检验。

otu_env.adonis = adonis(otu ~ ., data=env)

结果解读：Df自由度  SumsOfSqs总方差（离差平方和） MeanSqs均方差，即 SumsOfSqs/Df

 F.Model F检验值  R2 分组对差异的解释度 Pr(>F)P值

2. Mantal test

相关系数检验，常用person相关系数，r相关系数，r越大，两矩阵相关系数越强

使用前计算OTU对应的距离矩阵，

otu_bray<-vegdist(otu, method="bray")

env_PH<-vegdist(env$PH, method="euclidean")

env_temp<-vegdist(env$temp, method="euclidean")

mantel(otu_bray, env_PH, permutations=999)

Mantel statistic based on Pearson's product-moment correlation 

Call:

mantel(xdis = otu_bray, ydis = env_PH, permutations = 999) 

Mantel statistic r: 0.4202 

      Significance: 0.001 

3. mantel.partial偏蒙特检验 

mantel.partial(otu_bray, env_PH,env_NO2_NO3, permutations=999)

4. TurkeyHSD

成对的组于组之间差异性检验

TurkeyHSD(mod)

5.