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IGV | 从「GSAman」到「GSAwoman」,加速100

IGV | 从「GSAman」到「GSAwoman」,加速100

作者: 生信石头 | 来源:发表于2022-10-16 22:29 被阅读0次

转眼就是 10月16日。每每如此,写一个小工具,总是计划两三个小时写完,然后就这样。后来优化优化再优化,这样半个月也就过去。
IGV-GSAman在处理绝大多数物种基因组上,速度已经足够快了。不过出乎意料的,还是有朋友联系过来,说确实不快。聊了一下,用的是大基因组,物种基因组有 20G+,裸子植物。想想也是,基因组越大,基因数量总是会增加一些,而染色体的跨度也会变大。自然,GSAman再加速也无法避免IO瓶颈。
想来想去,只想放弃。但我还是简单查询并测试了下。也没想到就这样搞定了,直接从内存操作,然后另开一个线程,间隔5min自动导出到文件。效果挺好,速度明显加快。
但是,这个模式跟GSAman模式有点区别,于是命名为「GSAwoman模式」。至于如何开启这一模式,那么跟以前不同的是,以前文件名后缀为「.gsaman」,如果要开启「GSAwoman模式」,那么文件名后缀就用「.gsawoman」。一次搞定,完美!




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