生物软件安装脚本

作者: 邱俊辉 | 来源:发表于2018-12-02 09:07 被阅读20次

    写一个安装生物软件的脚本,防止以后换个服务器,或者换电脑,或者重装虚拟机又要自己一个一个去下,直接一步到位。顺便对自己掌握的软件进行总结
    脚本安装的软件仅为目前阶段所需,等以后学习更进一层,使用的软件会增加,脚本也会更新。
    脚本如下:

    #!/bin/bash
    mkdir Biosofts
    #安装anaconda 安装时会自动配置好环境变量
    wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh
    sudo sh Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh
    conda --version
    conda create --name python27 python=2.7 -y
    conda create --name python34 python=3.4 -y
    conda info -e
    #安装数据下载软件Aspera
    wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.6.2/aspera-conncet-3.6.2.117442-linux-64.tar.gz
    tar -zvxf aspera-conncet-3.6.2.117442-linux-64.tar.gz
    sh aspera-conncet-3.6.2.117442-linux-64.sh
    #安装SRA-toolkit
    cd Biosofts
    wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.2/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz
    tar -zvxf sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz
    cd ..
    echo 'export PATH=~/Biosofts/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin:$PATH'>>~/.bashrc
    source ~/.bashrc
    perfetch -h
    #安装Trimmamotic
    cd Biosofts
    wget http://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatci/Trimmomatic-0.38.zip
    unzip Trimmomatic-0.38.zip
    cd ..
    #配置conda
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    conda config --add channels https://nanomirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
    #使用conda安装软件
    #质控软件
    conda install fastqc
    #比对软件
    conda install bowtie2
    conda install hisat2
    conda insatll bwa
    #sam文件处理软件
    conda install samtools
    #差异分析软件
    conda install cufflinks
    #计算基因表达量
    conda install htseq
    #基因组从头拼接及组装软件
    conda install velvet
    conda install oases
    #寻找数据峰软件
    conda install macs2
    #序列拼接评价软件
    conda install quast
    #变异基因注释软件
    cd Biosofts
    wget http://www.openbioinformatics.org/annovar/download/OwgxR2rIVP/annovar.latest.tar.gz
    tar -zvxf /annovar.latest.tar.gz
    cd ..
    echo 'export PATH=~/Biosofts/annovar:$PATH'>>~/.bashrc
    sourec ~/.bashrc
    

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