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用python根据指定染色体及坐标得到位置碱基(第九题)

用python根据指定染色体及坐标得到位置碱基(第九题)

作者: 多啦A梦詹 | 来源:发表于2020-03-03 18:41 被阅读0次
import os
from collections import OrderedDict
os.chdir('G:/R/Genome/hsa')
sequence = OrderedDict()
with open ("gene.fa", 'r') as f:
    for line in f:
        line = line.strip()
        line = line.upper()
        if line.startswith('>'):
            idd = line.split(' ')[0][1:]
            print(idd)
            sequence[idd]=''
        else:
            sequence[idd]+=line
position = '2:6'
find_chr = position.split(':')[0]
find_pos = position.split(':')[1]
for idd, value in sequence.items():
    if find_chr == idd:
        print(idd,value[int(find_pos)-1])

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