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用python根据指定染色体及坐标得到位置碱基(第九题)

用python根据指定染色体及坐标得到位置碱基(第九题)

作者: 多啦A梦詹 | 来源:发表于2020-03-03 18:41 被阅读0次
    import os
    from collections import OrderedDict
    os.chdir('G:/R/Genome/hsa')
    sequence = OrderedDict()
    with open ("gene.fa", 'r') as f:
        for line in f:
            line = line.strip()
            line = line.upper()
            if line.startswith('>'):
                idd = line.split(' ')[0][1:]
                print(idd)
                sequence[idd]=''
            else:
                sequence[idd]+=line
    position = '2:6'
    find_chr = position.split(':')[0]
    find_pos = position.split(':')[1]
    for idd, value in sequence.items():
        if find_chr == idd:
            print(idd,value[int(find_pos)-1])
    

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