被子植物·分子系统发育分析·框架

（1） 数据对象：

  叶绿体 or 细胞核

（2） 分子标记类型：

  常用DNA条形码（nucleus ITS, chloroplast rbcL/matK/trnL-F/…），基因，编码区，外显子（编码序列），内含子，编码区、外显子或内含子中特定位置的密码子，外显子（编码序列）对应的氨基酸序列。

（3） 分子标记数量：

  常用有限DNA条形码，自开发有限分子标记，基于SNP筛选的所有潜在分子标记、以标记类型为单位的所有序列。

  根据课题目标确定好以上选项，然后分析。

（4） 序列比对：MAFFT

  Manual: https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/manual/manual.html#lbAI
  中文教程：https://mp.weixin.qq.com/s/-dVHcF2JIM7qOXCfrin8yg

（5） 序列修剪：Trimal

  Simple tutorial: http://trimal.cgenomics.org/use_of_the_command_line_trimal_v1.2 （另官网还有Manual可下载：OVERVIEW- Publications- Manuals，但似乎与网页Simple tutorial有些不同，例如输出命令无-out等）
  中文教程（基本对应simple tutorial）：https://www.jianshu.com/p/4470dd2abbbb

（6） 人工检查修剪：Mega（暂定）

  之所以要人工检查修剪，是因为对于引物扩增分子片段，两端不齐不是进化gap所致，软件无法识别，因此需手动删除。即便是重测序数据，也会出现未覆盖的区域（浅层测序益甚），这些区域需人工判断是否删除。有时候我们无法判断序列中gap是测序误差还是进化的结果，为排除这种不确定性，可将含有gap的位点全部删除（需根据Trimal结果慎重决定）。

（7） 多基因联合：PhyloSuite

  PhyloSuite-Alignment-Concatenate Sequence

（8） 模型预测：PartitionFinder2

  Manual: http://www.robertlanfear.com/partitionfinder/assets/Manual_v2.1.x.pdf
  中文教程：
http://htmlpreview.github.io/?https://github.com/brettc/partitionfinder/blob/master/docs/PartitionFinder2%E7%9A%84%E4%B8%80%E8%88%AC%E4%BD%BF%E7%94%A8%E6%96%B9%E6%B3%95%EF%BC%88%E4%B8%AD%E6%96%87%E7%89%88-%E7%BD%91%E9%A1%B5%E7%89%88%EF%BC%89.html

  存疑：后续用不同方法建树的模型选用相同或否？

（9） 构建基因树、蛋白树

  ① 极大似然法：iqtree
  Manual: http://www.iqtree.org/doc/Command-Reference#general-options
  ② 贝叶斯推断：MrBayes
  Manual: https://gensoft.pasteur.fr/docs/mrbayes/3.2.7/Manual_MrBayes_v3.2.pdf

（10） ……（待续）