手把手教你做转录因子调控分析(植物)

作者: 基因大侠 | 来源:发表于2019-04-02 21:09 被阅读77次

    今天介绍一个植物的转录因子调控的综合性分析网站PlantRegMap,该网站的功能非常的强大,其主要功能包括如下:

    1. 植物转录因子预测   

    输入蛋白序列或者核酸序列即可对是否是转录因子进行预测,如果是转录因子,会对转录因子的结合位点,保守性等有详细的信息。

    2. 转录因子结合位点预测

    选择一种物种,输入转录因子上游的Promoter 序列,即可预测哪些转录因子结合于Promoter 哪个区域    。

    3. 转录因子富集分析

    输入一组基因的名称,即可预测调控这些基因的转录因子,并对转录因子进行功能富集分析,富集显著的转录因子即为最重要的调控因子。

    4. 调控网络分析

    综合前面的两种分析模式,即可进行调控网络的分析。选择一个物种,输入一组基因的promoter序列,就可以对调控这些基因的转录因子进行分析,并可以对转录因子进行富集分析,这就可以筛选出关键作用的转录因子。结果如下:

    5. GO 富集分析

    针对一组基因进行GO富集分析,分别从分子功能,细胞组份和生物过程3个方面进行功能富集分析。

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