如何预测转录因子靶基因！

做完转录组分析完之后，一般会找到一些差异表达的基因。差异表达基因中如果有转录因子的话，可以研究一下转录因子调控哪些基因的表达。要预测转录因子调控的靶基因，需要两个步骤：

1. 首先需要知道转录因子的结合序列特征

2. 基于转录因子的结合序列特征去基因上游的promoter区搜索，如果能搜索到结合特征的序列，那么该转录因子就有可能调控该靶基因。

今天我们就介绍采用JASPAR网站来完成转录因子调控靶基因的预测

转录因子结合序列特征的查找

1. 转录因子结合序列特征，这个可以采用JASPAR网站（http://jaspar.genereg.net/）中的"Profile Inference" 功能实现。输入转录因子的氨基酸序列，如下图所示：

2. 预测的结果可能会很多，一般选择E-value最小的结合Maxtrix作为转录因子的结合位点特征，如下图所示：

3. 查看结合序列的详细信息：可以下载结合位点的特征信息， 在本地进行转录因子调控基因的批量预测，也可以采用JASPAR 网站提供的scan功能，进行少量基因的调控预测（下面会详述）。

JASPAR预测转录因子靶基因

少量基因启动子区的结合位点预测可以采用网站提供是“Scan” 实现。具体步骤如下：

1. 首先搜索转录因子结合位点: 如上一步"Profile Inference"预测到的转录因子结合位点特征

2. 选择要搜索的转录因子结合位点特征

3. 输入启动子区的序列，点击“Scan” 运行

4. 预测结果如下图所示，会显示转录因子结合位点在promoter区域的位置信息和打分信息：

当然这个网站，只适合对转录因子进行少量的靶基因预测，如果需要对大量的靶基因进行预测，需要将转录因子结合位点的PFM文件下载到本地，采用一些本地的软件进行大规模的预测。

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