美文网首页
一ggplot2 | 张图画多个KEGG富集结果

一ggplot2 | 张图画多个KEGG富集结果

作者: iBioinformatics | 来源:发表于2022-10-06 07:54 被阅读0次

    https://www.jianshu.com/p/40c6bd76e936

    输入文件示例;Species用于指定不同的分组

    library(ggplot2)
    
    pathway = read.csv("kegg1.csv",header = TRUE,check.names = FALSE)
    head(pathway)
    plot<- ggplot(pathway,aes(Species,PATHWAY))+
      geom_point(aes(size=Gene,color=Pvalue))+
      scale_color_gradient(low = "blue",high = "red")+
    
    #用于设置1部分字体和颜色
    theme(legend.title=element_text(size=20, face="bold", color="black"), 
      legend.text = element_text(size=18))+
    
    #用于设置2,即XY轴标题字体和颜色
    theme(axis.title.y = element_text(size = 25, face="bold", color="black", margin = margin(r = 50)),axis.title.x = element_text(margin = margin(t = 20)))+
    theme(axis.title.x = element_text(size = 25, face="bold", color="black"))+
    
    #用于设置XY的text的字体和颜色
    theme(axis.text.y = element_text(size = 14, face ="bold",color="black"))+
    theme(axis.text.x = element_text(size = 14, face ="bold",color="black",angle=90,vjust=0.5,hjust=0))
    ggsave(plot, filename="KEGG.pdf", width=10, height=20, dpi=100)
    

    相关文章

      网友评论

          本文标题:一ggplot2 | 张图画多个KEGG富集结果

          本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/ilxeartx.html