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加载R包org.Hs.eg.db出错,避坑指南!

加载R包org.Hs.eg.db出错,避坑指南!

作者: 生信交流平台 | 来源:发表于2021-06-27 19:48 被阅读0次

    前面我们讲到的GO和KEGG富集分析都会用到org.Hs.eg.db这个包

    ☞GO和KEGG富集结果如何显示基因symbol

    GO富集分析四种风格展示结果—柱形图,气泡图

    org.Hs.eg.db这个包还可以用来做基因ID转换

    【R语言】基因ID转换

    但是今天加载这个包的时候莫名奇妙的报错了,小编很方

    library(org.Hs.eg.db)
    Error: package or namespace load failed for ‘org.Hs.eg.db’:
     .onLoad failed in loadNamespace() for 'org.Hs.eg.db', details:
      call: l$contains
      error: $ operator is invalid for atomic vectors
    

    网上查找了一下,发现居然有很多人都遇到过同样的问题。今天小编就把网上找到的解决方法共享给大家,希望大家以后能少踩点坑。

    第一种方法

    #手动设置环境变量
    options(connectionObserver = NULL)
    

    但是这种方法,每次都要运行这一行

    第二种方法,彻底解决这个问题

    #安装旧版本RSQLite
    install.packages("remotes")
    remotes::install_version("RSQLite", "2.2.5")
    

    装好之后,就再也不用运行options(connectionObserver = NULL),跟以前一样的顺滑。

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