【块】GWAS-2 流程

此文目前仅为整理部分简书作者的文章
后续将继续整合实际操作及其他内容

1 数据处理

2 识别SNP

2.1 QC
2.2 trim
2.3 建立index(BWA, bowtie2)
2.4 比对生成 .sam(BWA, bowtie2)
2.5 .bam并排序(samtools)
2.6 去冗余(picard)
2.6 .vcf(GATK, bcftools)

3 基因型填补(tassel)

4 位点过滤(vcftools, plink)

4.1 MAF
4.2 LD
4.3 转为structure / admixture格式

5 群体结构分析（strcture, admixture）

5.1 K.mean聚类
5.2 绘图
5.3 pca

6 (亲缘关系)

7 关联分析(tassel, GAPIT(R))

7.1 .hapmap
7.2 SNP位点排序
7.3 GLM/MLM关联分析

8 多重检验校正

permutation testing
FDR
Bonferroni

9 绘图

曼哈顿/qq

10 fine mapping