基因课FTP地址：ftp://http://gsx.genek.tv/2020-3-10%E7%9B%B4%E6%92%AD%E4%B8%80%E4%B8%AA%E5%AE%8C%E6%95%B4%E7%9A%84%E8%BD%AC%E5%BD%95%E7%BB%84%E9%A1%B9%E7%9B%AE/
听张旭东老师的课

新建文件夹，新开一个项目

打开Rstudio

• 右上角新建progect.R
• getwd() # 查询当前工作目录
• 新建Rscript脚本，Ctrl+Shift+N
• Ctrl+s保存

基本常用操作

• Console界面。Ctrl+l 清空界面
• 数据导入
  Environment窗口 → import dataset → From test(base)就好
  name 变量名
  Encoding 若有中文内容，建议选utf-8，纯英文不用改
  可复制在Console窗口生成的command到脚本中，用于下一次调用
  绝对路径

常用基本命令

• 赋值 <-
  gene_total <- 0
• 数组、列表 → 向量 c( )
  gene <- c(30, 40, 60)
  中间用逗号隔开
  可迭代对象
• 循环 for ( ) { }
  for (i in gene) {gen_total <- gene_total + 1}
• apply函数 列表求和
  sample_sum <- apply(table, 1, sum)

apply第二参数 1 按行算； 2 按列算

• 保存数据
  write.csv(sample_sum, file = 'sample_sum.csv')

计算样本间相关系数

• cor(table) # 计算表格列索引各项间相关系数
  相关系数接近1表示更相关
• 相关系数可视化
  library(pheatmap) # pheatmap软件包
  pheatmap(sample_cor) # 需要调整些参数才好看

数据结构

• 标量
  零维
• 向量（数组）
  一维

R语言学习结构

• 输入 → 分析、画图 → 输出
• 数据结构
• 数据类型
• 基本运算+-*/等
• 函数
• package
• 流程控制 循环、条件、线性流程等
• 数据处理的一类软件包 tidyverse
• 画图软件包
• 输出 文本、图片

需要安装的软件包

要安装的R软件包-

题外话

• biomaRt
  非模式物种不能用，不能存取