关于外显子坐标文件的一个问题

今天在跑gatk call variant的时候，报了这样的一个错误

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报错信息说：坐标文件中有一个位置的终止坐标69716217，而起始坐标是69716218，也就是说终止坐标还小于起始坐标。于是，我查了一下这个文件，竟然起始和终止坐标都一样，真的很诡异。

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而我的坐标文件是这样得来的

 cat CCDS.current.txt |perl -alne '{/\[(.*?)\]/;next unless $1;$gene=$F[2];$exons=$1;$exons=~s/\s//g;$exons=~s/-/\t/g;print "$F[0]\t$_\t$gene" foreach split/,/,$exons;}'|sort -u |bedtools sort -i |awk '{print "chr"$0"\t0\t+"}'  > hg38.exon.bed

这个bug来源于最开始的CCDS.current.txt文件，然后查到了CCDS.current.txt，结果真的有。

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这个问题还需进一步解决。暂时先放[图片上传中...(image.png-a772ae-1548554021670-0)]
放。