assembly

作者: 医学小咖成长之路 | 来源:发表于2018-06-22 09:31 被阅读0次

RNA-Seq数据分析第二步:assembly

将map后的reads组装成完整的转录本

组装原理类似有向图分析,利用寻路算法找到一条覆盖所有reads的路径中互不相连且最少的路径为最优路径。

RNA-Seq数据分析第三步:quantification

估计每条转录本的表达量

利用exon的表达水平来表示转录本的表达水平:将exon归一化(normalization)后转录本表达量可有exon表达量推出

normalization(归一化)处理是数据挖掘的一项基础工作,不同评价指标往往具有不同的量纲和量纲单位,这样的情况会影响到数据分析的结果,为了消除指标之间的量纲影响,需要进行数据标准化处理,以解决数据指标之间的可比性。原始数据经过数据标准化处理后,各指标处于同一数量级,适合进行综合对比评价。以下是两种常用的归一化方法:一、min-max标准化(Min-Max Normalization)二、Z-score标准化方法

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