继教育改革之后，石越主导的学士院制定了改革官制的方案。中书门下也有一份改革官制的条例，针对两种方案，皇上在崇政殿主持了一场大辩论。
中书门下的方案中规中矩，以《唐六典》为基础，辅以宋制，没什么创新之处。
石越的改革方案，旨在解决宋朝官职名不副实、冗官等问题，并使权力互相制衡，增加效率。简言之，就是以尚书左右仆射为宰相（两名宰相），决策、行政权合二为一；以各部尚书、寺卿之贤能者，加参知政事衔，为副相，约十位。宰相和副相轮值，小事商量着办，大事开会讨论，意见不一致的由皇上裁决。宰相和副相之间形成第一层合作与制衡。
第二层是无论大小事务，尚书省皆不直接草诏敕，由学士院（负责大事）、中书省舍人院（负责小事）草拟诏书，对相权形成制衡。翰林学士与中书舍人若以为不妥，可以说明理由，拒绝拟诏。
第三层是门下后省给事中对相权的制衡，借鉴唐制，进一步扩大给事中的权力。给事中认为不合理的诏敕，可说明理由，封还退回。若一份诏书封还三次，当付诸廷议。廷议许给事中，则执政当辞职；廷议许执政，则给事中当辞职。
这个方案，让决策、行政权合二为一，增加了相权；设三重制衡，又限制了相权。为的是宰相和副相的决策必须深思熟虑，经得起学士院舍人院，给事中层层审查，各方服气，政令方得以推行。
谁都看得出来皇上已经决定采用石越的方案。重臣们并不反对，他们关心的是改革之后自己将会担任什么职位。还有一件事牵动各方的神经，那就是传闻皇上准备召回司马光出任御史大夫。
王安石在位推行新法时，司马光曾九度退还诏书，拒绝回朝。司马光在朝野的声望仅次于王安石，如今皇上准备启用司马光为御史大夫监察百官，韩绛、吕惠卿、蔡确不得不担忧自己的地位。韩吕还没什么动作，蔡确把一向不作为以和稀泥出名的王珪拉到了自己一边，准备设法阻止司马光回朝。因为司马光一旦出任御史大夫，首当其冲的就是这两位。
假若司马光回朝，对石越而言将会是一柄双刃剑。一方面司马光能够镇住朝中的宵小之辈，另一方面恐怕也会掣肘石越。潘照临猜测皇上并没有很强烈的意愿召回司马光，这恐怕是曹太皇太后的意思，目的是防范石越。韩维、冯京和石越同一阵线，翰林院元绛、张璪也偏向石越，甚至连蔡确都有倒向石越的意思。王安石和司马光，始终是皇上的两张底牌，无论朝中谁坐大，只需召回其中一个，便可镇得住场子。
皇上派陈襄赴洛阳劝说司马光复出。在此之前，王安石曾委托他的方外之交、大相国寺主持智缘和尚拜会司马光，劝其出山。原来王安石担心石越年纪轻轻就身居高位，皇上又无比信任，将来未必不会学曹操、王莽，希望司马光出来制衡。司马光已有复出之意，却也看出皇上未必急着召他回朝。
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