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生信入门学习顺序

生信入门学习顺序

作者: 野生拟南芥 | 来源:发表于2019-07-23 08:57 被阅读0次

1、安装linux虚拟机,学习常用命令(2 d)

cd
ls
mkdir
rm
pwd
ln -s
vi
sh
less
cat
sort
grep
awk

2、学习linux运行程序的基本方法(1 h)

sh运行文件
screen的使用
如何向程序传递参数

3、学习xshell和filezilla的使用(0.5 h)
4、在服务器上运行fastqc对二代测序结果进行质控(2 h)
5、将质控结果传输到本地查看(0.5 h)
以上是linux系统的最基本知识
========
6、学习python脚本的写法

简介
运算符
字符串
列表
字典
文件操作

7、python脚本练习

将某个fasta文件的序列反向互补
统计三代测序fasta文件(总长,reads数,最长和最短reads长度,N50长度)

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