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RNA-SEQ(七):TBtools做GO富集分析及R中的可视化

RNA-SEQ(七):TBtools做GO富集分析及R中的可视化

作者: 生信小白花 | 来源:发表于2023-02-23 20:49 被阅读0次

    题目:对DEseq2差异分析得到的差异基因进行GO富集。

    目的:旨在对基因和蛋白质功能进行限定和描述的。

    内容
    1. 下载GO注释背景文件,准备好需要富集的基因列表。

    2. 将数据上传到TBtools中进行基因富集。

    数据:进一步筛选得到的差异基因列表。

    工具:TBtools。

    步骤:

    1. 打开TBtools软件,找到GO enrichment。
    image.png

    2.在1处可以点下方download在线下载go-basis.obo文件,并上传。2处上传下载好的GO注释背景文件。3处粘贴富集需要的基因列表。然后选择结果文件的储存位置,就可以按下start按钮进行富集。

    image.png

    结果:

    富集得到如下的结果文件。表格中是D2天上调基因富集到的结果,包括分子功能,生物学过程,细胞组分三部分。根据p<0.05进行了筛选,得到的是误差符合要求的通路。


    image.png

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