1.修改vcf样本名
使用bcftools的 rehead指令
bcftools reheader -s sample.file old.vcf -o new.sample.vcf
-s 后面的为sample.file 指定要替换的样本名，内容如下
2.提取指定样本vcf文件
准备好样本ID文件，samplelist.txt，一个样本名一行，如下
bcftools view -S samplelist.txt old.vcf.gz -Ov > new.vcf
1.修改vcf样本名
使用bcftools的 rehead指令
bcftools reheader -s sample.file old.vcf -o new.sample.vcf
-s 后面的为sample.file 指定要替换的样本名，内容如下
2.提取指定样本vcf文件
准备好样本ID文件，samplelist.txt，一个样本名一行，如下
bcftools view -S samplelist.txt old.vcf.gz -Ov > new.vcf
很多时候，call完变异后，需要对vcf文件中的样本名进行修改，小编这里分享一个修改ID的python脚本(若vc...
提取染色体片段 提取文件中的某几列 根据位置提取vcf文件对应位点的信息 提取某一列数值满足条件的列 提取某些样本...
根据id提取vcf（提取重测序数据不会有日志等啰嗦行） 根据染色体提取vcf 根据位置提取vcf（pos文件含染色...
把多样本的vcf文件拆分 参考：https://www.biostars.org/p/224702/ 非常多已经造...
这不是简单的坐标合并，多个样本的vcf文件里面都只会记录对应样本的变异位点信息，但是因为样本检测手段不一致，可能是...
这不是简单的坐标合并，多个样本的vcf文件里面都只会记录对应样本的变异位点信息，但是因为样本检测手段不一致，可能是...
文件1：需要提出的样品的id，文件名DB_sample.list 文件2：含有不同样本的变异位点的vcf文件 利用...
变异注释发生在变异提取之后，获取VCF（Variant Call Format,VCF)文件后，目前从下机数据比较...
使用bcftoolsquery -ltest.vcf > 453.list 将vcf文件中的样品名提取出来 使用s...
vcf文件储存的是样本的变异信息文件，在同一批次分析中，如果不是采用joint calling的方式进行分析，最终...
本文标题：2022-06-08修改vcf文件样本名称，提取指定vcf样本
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/jjtumrtx.html
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