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2022-06-08修改vcf文件样本名称,提取指定vcf样本

2022-06-08修改vcf文件样本名称,提取指定vcf样本

作者: 汪大山 | 来源:发表于2022-06-07 09:04 被阅读0次

    1.修改vcf样本名

    使用bcftools的 rehead指令

    bcftools reheader -s sample.file old.vcf -o new.sample.vcf

    -s 后面的为sample.file 指定要替换的样本名,内容如下

    2.提取指定样本vcf文件

    准备好样本ID文件,samplelist.txt,一个样本名一行,如下

    bcftools view -S samplelist.txt  old.vcf.gz -Ov > new.vcf

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