bcftools根据样品拆分vcf文件

作者: 17号小行星 | 来源:发表于2022-01-24 18:16 被阅读0次

SYH10
SYH11
SYH12

文件2：含有不同样本的变异位点的vcf文件

image.png

bcftools view  -S DB_sample.list samples.gatk.con.snp.12.vcf -O v -o samples.gatk.con.DB.snp.vcf

结果

image.png

vcftools --vcf samples.gatk.con.DB.snp.vcf  --window-pi 1000  --out samples.gatk.con.DB.snp.vcf

bcftools根据样品拆分vcf文件
文件1：需要提出的样品的id，文件名DB_sample.list 文件2：含有不同样本的变异位点的vcf文件利用...
BCFtools常规使用
BCFtools可用于处理VCF和BCF文件；具体可参考BCFtools说明文档[http://samtools....
使用bcftools 将vcf文件拆分成单个vcf
使用bcftoolsquery -ltest.vcf > 453.list 将vcf文件中的样品名提取出来使用s...
使用bcftools view 拆分vcf格式文件
首先看一下bcftools view用法我们重点关注Subset 和output选项我们仅使用-o -O -...
构建consensus序列
bcftools view sample.vcf -Oz -o sample.vcf.gzbcftools ind...
批量合并vcf文件
合并不同sample的vcf文件，通过bcftools - 组学大讲堂问答社区 (omicsclass.com)[...
最全bcftools使用说明--只看本文就够了
Bcftools说明文档 1 简介 BCFtools 是一款多种实用工具的集合，它可以用于处理VCF文件和二进制的...
关于call SNP无变异位点的解决方法
本次使用bcftools call SNP 按以上流程跑完后，vcf文件没有call 出任何SNP。 bcftoo...
SnpHub搭建 | 数据处理中可能出现的问题
1. VCF文件中出现了position顺序不对（未排好序）使用bcftools sort进行排序 2. bcf...
bcftools：根据染色体提取vcf中的信息
根据染色体提取vcf中的信息： bcftools view -r chr20,chr21,chr22 NA1287...