bcftools根据样品拆分vcf文件

• 文件1：需要提出的样品的id，文件名DB_sample.list

SYH10
SYH11
SYH12

文件2：含有不同样本的变异位点的vcf文件

image.png

• 利用bcftools提取DB_sample.list中的样品的vcf文件

bcftools view  -S DB_sample.list samples.gatk.con.snp.12.vcf -O v -o samples.gatk.con.DB.snp.vcf

结果

image.png

• 计算Pi值

vcftools --vcf samples.gatk.con.DB.snp.vcf  --window-pi 1000  --out samples.gatk.con.DB.snp.vcf