使用bcftools query -l test.vcf > 453.list 将vcf文件中的样品名提取出来
使用sh脚本
# 将453份数据写入变量$sample
for sample in $(cat 453.list);
#创建每个样本的list文件
do touch list/$sample.list;
#将样本写入每个文件
#echo $sample >> list/$sample.list;
#使用bcftools提取
do bcftools view -S list/$sample.list /public/home/lianglunping/work/SV/453.vcf>/public/home/lianglunping/work/SV/453/$sample.vcf;
done
使用bcftoolsquery -ltest.vcf > 453.list 将vcf文件中的样品名提取出来 使用s...
bcftools view sample.vcf -Oz -o sample.vcf.gzbcftools ind...
文件1：需要提出的样品的id，文件名DB_sample.list 文件2：含有不同样本的变异位点的vcf文件 利用...
BCFtools可用于处理VCF和BCF文件；具体可参考BCFtools说明文档[http://samtools....
首先看一下bcftools view用法 我们重点关注Subset 和output选项 我们仅使用-o -O -...
使用samtools 1.10 发现不能生成vcf了 samtools mpileup bcftools call...
本次使用bcftools call SNP 按以上流程跑完后，vcf文件没有call 出任何SNP。 bcftoo...
1. VCF文件中出现了position顺序不对（未排好序） 使用bcftools sort进行排序 2. bcf...
bcftools是一个用于检测突变和处理vcf（variant call format）、bcf（vcf对应的二进...
排序 从vcf文件排序开始，可以使用picard，也可以使用vcftools 的vcf-sort vcf转换为pe...
本文标题：使用bcftools 将vcf文件拆分成单个vcf
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