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使用conda构建科学计算环境

使用conda构建科学计算环境

作者: 9c46ece5b7bd | 来源:发表于2018-03-19 23:48 被阅读101次

anaconda、conda、miniconda相关概念介绍

anaconda简介

Anaconda 是一个 Python 发行版,主要用于科学计算和信号处理等领域,支持 Linux, Mac, Windows, 包含了众多流行的科学计算、数据分析等Python 包。

Anaconda Python 是一个完全免费的企业级Python发行大规模数据处理、预测分析和科学计算的工具。简单来说,就是安装了Annaconda,就安装了python、conda和一般可能用到的numpy、scipy、pandas等等常见的科学计算包,而无需再单独下载配置。

而同时anaconda提供了公共的仓库,可以供用户上传下载自己构建的内部anaconda格式的科学计算模块,就好比熟悉Docker人一样,可以在http://hub.docker.com上上传下载自己所感兴趣的镜像(image)一样。

如同Docker类似,我们构建并上传一个image可以使用docker build构建完成之后使用docker push来上传镜像。而在构建属于自己的anaconda科学计算的包时我们需要使用conda build工具来构建anaconda科学计算包,并使用anaconda upload来上传相关的科学计算包到公共仓库。

conda简介

conda是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统,用于安装多个版本的软件包及其依赖关系,并在它们之间轻松切换。

Conda包括AnacondaMiniconda
Conda还包括在Anaconda的Continuum订阅中,它为Python, R, Scala, Java, Javascript, C/ C++以及其他应用程序堆栈提供包管理。而pypi(pypi是一个python包的仓库,里面有很多别人写好的python库,你可以通过easy_install或者pip进行安装)也可以使用Conda,尽管这种做法可能不是最新的。

miniconda简介

Miniconda是一个小的“引导”版本,只包括conda,Python和它们所依赖的包。可以使用“conda install”命令从Continuum存储库中单独安装超过720个科学软件包及其依赖项。

通俗的讲以上三个名词就是:

  • anaconda是一个python发行版,主要用来发布一些科学计算相关的模块包,默认的anaconda包安装后则会预装相应的anacondaconda以及默认的python以及相关模块工具包;
  • conda是一个类anaconda软件包的包/环境管理器,可以管理python、R、c/c++、Java等科学计算相关的模块包;
  • miniconda则属于一个简版的anaconda,只包含基础的conda命令,一般对于开发者而言只需要安装miniconda即可满足科学计算相关软件包的管理。

使用miniconda快速体验

注意:默认的anaconda源由于服务器在国外,使用默认的源可能导致安装包过程中比较慢,这里建议将使用国内清华的anaconda源来加速相关模块的安装部署
在linux环境下:

# 下载并安装miniconda
$ wget https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-4.3.11-Linux-x86_64.sh

# 使用miniconda初始化conda环境,会安装一个默认的python版本
$ bash Miniconda3-4.3.11-Linux-x86_64.sh -b -p /export/biaoge/conda-test/python2.7

# 安装完成之后会在/export/biaoge/conda-test/python2.7目录下生成整个conda的相关目录结构,包括可执行文件、动态链接库等,为了方便环境隔离,用户可以将conda的中的bin和lib目录追加到当前环境的PATH,和LD_LIBRARY_PATH环境
$ cd /export/biaoge/conda-test/python2.7
$ export PATH=$(pwd)/bin:$PATH
$ export LD_LIBRARY_PATH=$(pwd)/lib:$LD_LIBRARY_PATH

# 测试使用(miniconda3.4.3中包含的默认python版本)
$ python --version
Python 3.6.0 :: Continuum Analytics, Inc

# 查看默认的conda源
$ conda config --show
.....
default_channels:
  - https://repo.continuum.io/pkgs/free
  - https://repo.continuum.io/pkgs/r
  - https://repo.continuum.io/pkgs/pro
.....

# 添加conda私有源
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

# 切换到python2.7并测试numpy模块
$ conda install python=2.7 -y
$ conda install numpy -y 
$ python --version
Python 2.7.14 :: Anaconda, Inc.
$ python -c "import numpy as np;print(np.__version__)"
1.14.2

下一章主要介绍conda相关的详细使用,配置详情以及企业环境中如何构建私有的conda源以及conda私有包。

相关链接:

anaconda官网
anaconda仓库
清华anaconda源
anaconda下载地址

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