Command lline: trf File Match Mismatch Delta PM PI Minscore MaxPeriod [options]
Where:(all weights, penalties, and scores are potive)
简单理解，即所有参数都为正数。
FIile = sequences input file（输入文件，需为fasta格式）
Match = matching weight（匹配上的权重）
Mismatch = mismatching penalty（没匹配上的罚分）
Delta = indel penalty（插入缺失罚分）
匹配权重值2被证明对“未匹配上”和“插入缺失”罚分在3-7范围内是有效的。当Mismatch和indel权重值是负数时，程序中断。3更加宽松，7更加严格。Match，Mismatch和Delta的推荐值是2,7,7
PM = match probability（匹配概率，整数）
PI = indel probability（插入缺失概率，整数）
概率值PM为80和75，PI为10和20是可取的。最佳运行值是OM=80，PI=10（PM=75，PI=20时虽差异不大，但会延长处理时间）。
Minscore = minimum alignment score to report（匹配上的串联重复序列最小分值，如果设定匹配权重为2，最小分值为50，最佳匹配需要匹配至少25bp（5 copies with a period of size 5））
MaxPeriod = maxinum period size to report（最大的重复单元bp数，程序将会找到重复单元在1-2000的所有重复，但是可以限制更小的范围）
[options] = one or more of the following:
-m masked sequence file（屏蔽序列文件，在每一个串联重复序列出现的地方（每一个核苷酸）都替换成N显示，“masked”会添加在序列描述行的>后，但实际操作看来，会在扩展名那里显示）
-f flanking sequence（标记串联重复序列两侧的侧翼序列，包含500个核苷酸。输出文件扩展名为txt）
-d data file（与汇总表格包含相同信息，顺序，加入一致式样？和重复序列，不包含标签，适用于额外的处理）
-h suppress html output（禁止html输出，并自动切换到-d参数）
-r no redundancy elimination（不去冗余？）
-l<n> maximum TR length expected (in millions) (eg, -l 3 or -l=3 for 3 million)（指定的最长TR长度n百万bp，若没有足够的运行内存，数值太高可能会导致错误信息，测试过的最大值是29）
-u 打印帮助/使用信息
-v 打印版本信息
-ngs 多序列文件上更紧凑？的.dat输出，成功时返回0，可以使用这个参数输入，-用于文件名。短的50个侧翼序列加入到.dat输出文件中。 .dat输出实际上转到标准输出而不是文件。序列标题在输出中显示为@header。仅显示包含重复的标题。
示例命令行如下：
（./）trf yourseq.fasta 2 7 7 80 10 50 500 -f -d -m
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