TRF (tandem repeats finder)可用于鉴定基因组中的tamdem，及串联重复
1、下载
点击此处 进入下载即可，下载后可直接使用。
2、参数说明
- file: 输入fasta序列；
- Match: 匹配上的权重
- Mismatch： 没有匹配上的权重
- Delta：插入缺失罚分
匹配权重值为2时，对未匹配上和插入罚分在3-7范围内时有效的，当mismatch和indel权重为负数时，程序中断。3者推介值依次为2,7,7 - PM: 匹配概率，整数（最佳80）
- PI: 插入缺失概率 整数 （最佳 10）
- Minscore：匹配上的串联重复序列最小分值，如果设定匹配权重为2，最小分值为50，最佳匹配需要匹配至少25bp
- MaxPeriod：最大的重复单元bp数，程序将会找到重复单元在1-2000的所有重复，但是可以限制更小的范围
可选参数： - m: 屏蔽序列文件，在每一个串联重复序列出现的地方（每一个核苷酸）都替换成N显示
- f: 标记串联重复序列两侧的侧翼序列，包含500个核苷酸。输出文件扩展名为txt
-d: 输出文件
-h: 禁止输出html
3、小试牛刀
选用一测试序列 test.fa
trf409.linux64 test.fa 2 7 7 80 10 50 2000 -d -h
得到结尾为.dat 的文件，其中每一列对应如下:
网友评论