以blastn用法为例:

1、建索引：

makeblastdb -dbtype nucl -in ref.fasta

注：

-dbtype：序列类型，nucl为核酸序列，prot为蛋白序列。

-in：输入文件，fasta格式文件。

2、比对：

blastn -query query.fa -db ref.fasta -outfmt 6 -out query_result.blastn

注：

-query：你要查询的输入序列，fasta格式文件。

-db:比对用的数据库，跟上一步是一样的基因组序列文件。

-outfmt format： 输出文件格式。

    0 = Pairwise,

    1 = Query-anchored showing identities,

    2 = Query-anchored no identities,

    3 = Flat query-anchored showing identities,

    4 = Flat query-anchored no identities,

    5 是 BLAST XML类型的输出文件,

    6是tab格式的输出文件，

   7是带注释行的tab格式的输出文件，

    8 = Seqalign (Text ASN.1),

    9 = Seqalign (Binary ASN.1),

    10 = Comma-separated values,

    11 = BLAST archive (ASN.1),

    12 = Seqalign (JSON),

    13 = Multiple-file BLAST JSON,

    14 = Multiple-file BLAST XML2,

    15 = Single-file BLAST JSON,

    16 = Single-file BLAST XML2,

    17 = Sequence Alignment/Map (SAM),

    18 = Organism Report

我选的是6，输出的blastn文件有12列：

        第一列：Query_id

        第二列：Subject_id

        第三列：%_identity

        第四列：alignment_length

         第五列：mismatches

         第六列：gap_openings

         第七列：q.start

         第八列：q.end

         第九列：s.start

         第十列:s.end

         第十一列：e-value

         第十二列：bit_score