#分子模拟#Rosetta安装

Rosetta是一个强大的生物计算套件，其并不像许多商业软件那样是一个整体的框架，其将不同的功能进行了模块化，其能够对于不同结构的生物大分子进行处理，评价和打分（ranking）其物理上的合理性。Rosetta关注于蛋白，核酸以及小分子配体，现在隐式膜脂也正在慢慢发展，是分子模拟中的重要工具包。

教程核心:tutorials.
链接：install

解压缩文件

tar -xvzf rosetta[版本].tar.gz

编译内容

默认是使用rosetta source版本，该版本需要编译，若下载的Rosetta 3.7 source + binaries for Linux则直接解压可用

cd rosetta*/main/source 

Rosetta编译需要使用GCC或者Clang（sudo apt-get install gcc/g++/gfortran）
Rosetta使用SCons构建编译系统，你可以下载安装单独的版本，也可以用Rosetta自带的版本

./scons.py -j <核心数> mode=release bin

modes设置

1. mode=release 编译优化的最快Rosetta版本
2. mode=debug 主要用来达到开发和调试的目的，相对较慢

特别的部分设置

1. empty 如果为提供任何路径，默认只会构建libraries
2. "bin" 完全的编译所有的应用在bin目录
3. "bin/rosetta_scripts.default.linuxgccrelease" or "rosetta_scripts" 仅编译提到的应用

额外extras

1. "extras=static" 构建静态二进制文件。可以快速的移植到其它系统
2. "extras=graphics" mode开启OpenGL
3. "extras=opencl" GPU加速
4. "extras=mpi" 多线程模式，要求编辑修改site.settings文件

<b>注意:</b>
之前使用gcc编译一直出错，rosetta上申明的解决办法看不懂~（gcc 6.1版本)
后发现可以指定使用clang安装，故使用clang安装，使用方法如下：

 ./scons.py -j 10 mode=release bin cxx=clang cxx_ver=4.5

cxx表示方法（gcc或者clang cxx_ver制定版本）

如果出现/usr/bin/ld: cannot find -lz,需要安装sudo apt-get install lib32z1-dev

<b>Ubuntu支持版本为：</b>Ubuntu 12.04, 14.04, and 15.04,测试<font color=red>16.04版本</font>不可使用
<b>gcc :</b>4.8 to 4.9
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