导读

PhyloPhlAn是由Curtis Huttenhower于2013年发表在Nature Communications上的一个用于分析微生物之间进化关系的软件。PhyloPhlAn能通过分析400种通用微生物蛋白展示微生物之间的进化关系。软件本身自带3000+种已知微生物的进化关系信息，因此PhyloPhlAn也常用于研究新发现的微生物与已知微生物进化关系。要使用PhyloPhlAn不仅需要安装PhyloPhlAn，还需要安装3个依赖软件：usearch、FastTree和muscle。下面是这些软件的官网、下载和安装方法。

主程序：PhyloPhlAn

官网地址：https://huttenhower.sph.harvard.edu/phylophlan
下载链接：https://bitbucket.org/nsegata/phylophlan/get/default.tar.gz
解压后可直接在linux中使用

ln -s $(readlink -f ./phylophlan.py) ~/bin/
# 添加到bin，但并不能全局使用，仅在phylophlan.py所在文件夹中能正常使用

phylophlan.py -h  
# 查看帮助文档

依赖1：usearch

官网地址：http://www.drive5.com/usearch/
下载地址：32位版本可邮件申请免费下载

wget -c [邮件中的下载链接] usearch
# 下载并重命名，下载结果如下：

   -rw-r--r--  1 cheng WST 1555579 9月  29 14:45 usearch

chmod 755 usearch
# 修改可执行权限，结果如下：

   -rwxr-xr-x  1 cheng WST 1555579 9月  29 14:45 usearch*

ln -s $(readlink -f ./usearch) ~/bin/
# 添加到bin，可全局调用

usearch --help  # 查看帮助文档

依赖2：FastTree

官网地址：http://www.microbesonline.org/fasttree/#Install
下载链接：http://www.microbesonline.org/fasttree/FastTree

wget -c http://www.microbesonline.org/fasttree/FastTree
# 下载

chmod 755 usearch
# 修改可执行权限

ln -s $(readlink -f ./FastTree) ~/bin/
# 添加到bin目录，可全局调用

FastTree -h  # 查看帮助文档

依赖3：muscle

官网地址：https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/

文章种提及的过程参数：

标题：Extensive Unexplored Human Microbiome Diversity Revealed by Over 150,000 Genomes from Metagenomes Spanning Age, Geography, and Lifestyle
杂志：CELL
时间：2019

PhyloPhlAn参数：--diversity high --accurate --min_num_markers 80

Internal steps参数：

diamond：
blastx --quiet --threads 1 --outfmt 6 --more-sensitive --id 50 --max-hsps 35 -k 0
diamond:
blastp --quiet --threads 1 --outfmt 6 --more-sensitive --id 50 --max-hsps 35 -k 0
mafft --anysymbol 对齐
trimal -gappyout 修剪
RAxML -m PROTCATLG -p 1989 建树
IQ-TREE -nt AUTO -m LG 建树