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学习小组Day3笔记--孔嘉豪

学习小组Day3笔记--孔嘉豪

作者: 孔嘉豪 | 来源:发表于2020-09-17 08:35 被阅读0次

Day1 高效学习平台和方法推荐
Day2-3 Linux基础
Day4-6 R语言基础
Day7 测序知识

今日待解决问题:

  1. 理解conda、miniconda和anaconda
  2. 并完成miniconda的下载、安装与激活
  3. 练习使用miniconda
  4. 定制conda分身

1. conda、miniconda和anaconda


    用苹果手机类比,在IOS系统中要使用微信或者其他软件,势必需要先通过app store下载。那么在linux系统中,conda就是那个“app store”。他们的关系如下: via 生信星球

2. miniconda的下载、安装与激活


2.1.     登录Xshell并登录账号,uname -a 查询系统位数(查出来64,此处略),在官网中右键复制相应链接网址。

conda - miniconda (https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html)
2.2.     进入昨日新建目录biosoft(cd命令),用 wget + 右键复制的链接网址 执行下载命令。 提示下载完成
2.3.     用 bash + 下载完成的安装包名称(见上图) 执行安装命令。然后开始疯狂Enter,见到一个 [yes/no] ,就打yes再Enter。
2.4.     恭喜!!安装成功!!
2.5.     输入 source ~/.bashrc 命令激活conda(这一步输完没任何反应),接着在输入 conda出现一堆代码就说明成功了!!
2.6.     添加镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda conda config --set show_channel_urls yes

3. 练习使用miniconda


    其实上面列表中展示了conda的功能,有list、search、install、remove、run、update等等。但我还是先跟着花花的教程做了一下 fastqc 的搜索~
    接着是安装(conda install fastqc -y)和卸载(conda remove fastqc -y)。
    tips: -y =yes

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