每个人的心里都隐藏着一片黑暗。
矶边内心的黑暗因为妻子罹患癌症最终死亡而凸显出来。他想要寻找妻子的转世，于是加入了一个去印度的旅行团。
塚田内心的黑暗来自于战争，败退的时候他吃了同伴的肉，这一生他都活在这人吃人的罪孽感中。医院里的白人基督徒义工在临死前给了他安慰。而当年与他同走过死亡之路的战友木口，加入了这支旅行团，想在印度的佛教圣地为当年死去的战友做法事。
沼田内心的黑暗来自于他在中国大连那段童年，不被中国人接纳，家里的服务生也是自己的同伴被辞退，父母离婚，离开了心爱的小狗。于是成年后他开始写动物童话故事。后来他得重病差点死去，活过来之后发现养的鸟死了，他认为是鸟代替他死了。他去印度旅游是为了看看鸟类保护区。
美津子，年轻的时候玩弄过基督徒大津，后来结婚又离婚。她内心的黑暗在于她发现自己无法去爱，她不知道自己要的是什么。她和大津通信见面、做义工、去印度旅游。她还是不知道自己要的到底是什么。
三条夫妇，他们看起来是内心没有黑暗快乐的人。其实他们这种不自知的麻木和盲目正是他们内心的黑暗。他们任意妄为，行事为人放纵自私。
大津，他内心的黑暗来自于求学时期、读神学时期、侍奉时期在团体中被孤立被排挤。即便如此，他依然追随着自己所认定的信仰。
每个人都在用自己的方法去抚慰自己内心的黑暗。
导游江波，他也有自己内心的黑暗。他热爱印度，他因为印度的满目疮痍而痛苦，这是他内心的黑暗。
江波带领着这支旅游团去参观一个并不出名的景点。他对团友这么介绍：这是我最喜欢的女神像。这座女神名叫查姆达。查姆达住在墓地，所以她的脚下有被鸟啄、被豺狼吃的人的尸体。……虽然她的乳房萎缩得像老太婆似的，但她还是从中硬挤出乳汁喂成排的小孩。你们看，她的右脚因麻风病而腐烂，腰部也因饥饿而凹陷，还有一只蝎子咬着。她忍受着疾病和疼痛，用萎缩的乳房喂小孩。……她表现出印度人一切的痛苦。这座雕像表现出长久以来印度人体验到的疼痛、死亡、饥饿。这座女神身上有着他们经历的所有疾病，甚至有眼镜蛇、蝎子之毒。尽管如此，她喘着气还要用萎缩的乳房喂小孩。这就是印度。
我们渴望有一位神去抚慰内心的黑暗。我们渴望这位神能够倾尽所有来帮助我们，为我们无条件地牺牲，就如同查姆达一样。可是，现实是，查姆达只是一尊被熏黑的丑恶神像立在潮湿阴暗的地下室里，而病痛、死亡、饥饿、贫穷、种姓制度、种族冲突依然在印度肆虐。
印度的上等种姓青年高谈总理废除了种姓印度人人平等弃民受尊重，但是他们的做法却深深地带着种姓的影子。印度的总理英迪拉·甘地废除种姓制度调和宗教矛盾却惨遭杀害。
这是个无恩的世界，没有爱，没有安慰，没有盼望。可是，人历尽艰辛还是要去找寻一个盼望，寻不到活下去的盼望，就把怎样去死当成活下去的盼望。
书中写道：他们这群人空有人形，一辈子却没有片刻活得像人，把葬身恒河当成最后的希望而摸索到了这座城市。人，直到断气都把寻求那一丝光线当成最后的目标。
大津对美津子说：每次看到恒河，我就想起洋葱（注：大津与美津子谈话时用洋葱代替耶稣）。恒河无论是对伸出腐烂手指乞讨的女性，还是被杀的甘地总理都一样不拒绝，接受每一个人的骨灰。洋葱的爱河，无论是多么丑陋的人，多么肮脏的人都不拒绝。
耶稣不是如查姆达女神那样的雕像，耶稣真实存在着，他一直以人的形象存在着！在日本，他是安慰塚田的基督徒义工加斯顿；在瓦拉纳西，他是背负一个又一个将死之弃民去恒河又为了化解冲突摔断了脖子的大津；在加尔各答，他是特蕾莎修女和她的临终关怀之家。
远藤周作的这本《深河》，有评论说应该翻译成《深深的河》，那是一首赞美诗的名字。美津子说：能够相信的是，各色各样的人背负着不同的辛酸，在这条深河里祈祷的光景。河流包容他们，依旧流淌。人间之河，人间之河的悲哀，我也在其中。
我想这部小说为什么会把大津设置为一个有着错误神学观的人，大抵是为了表达一种观点：大津所在的修道院忙着批判大津的神学错误，而大津却在印度背负起一个又一个频死的贱民把他们送到恒河——对，也许这是在成全这些人的宗教信仰不符合基督教的信仰，但是，换一种角度，大津所做的，正是让一个从来没有享有过人的权利的贱民真正享有了一次人的权利——像印度人那样死去。神学正确是必须的，但很多时候我们只顾高喊神学正确，却失去了耶稣那怜悯的眼光。
在小说的结尾，修女回答美津子：在这世界我们只相信他！
纵使那一线光明是那么微弱，我们仍要向前追寻。因为那一条河一直在那里奔流。
唯有跳入那一条河，我们的灵魂才真正安息。
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