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从egg结果获取id和KOG的对应关系

从egg结果获取id和KOG的对应关系

作者: 多啦A梦的时光机_648d | 来源:发表于2022-06-28 23:07 被阅读0次

    1.txt是用excel获得的只有id和eggNOG_OGs的两列文件

    如下:

    id-eggnog_ogs
    less -S 1.txt |sed 's/COG[0-9]\{4\}\@1|root,//g' >2.txt
    
    cat 2.txt |sed 's/@1|root,/\t/g'|sed 's/@2759|/\t/g'|sed 's/Eukaryota,[0-9]\{1,\}.*//g'|sed 's/Eukaryota//g'|sed 's/,//g'>4.txt
    

    获得了如下格式文件

    id-kog

    存在重复值,每一行如何之保留一个重复值呢

    2利用如下代码,直接打开excel的查看代码

    Sub test()    
    
        Dim arr, i, j, k, n     
    
        arr = [a1:f6671].Value     
    
        ReDim brr(1 To UBound(arr, 1), 1 To UBound(arr, 2))     
    
        For i = 1 To UBound(arr, 1)     
    
        n = 0     
    
        For j = 1 To UBound(arr, 2)     
    
        For k = 1 To j - 1     
    
        If arr(i, j) = arr(i, k) Then Exit For     
    
        Next     
    
        If k = j Then         
    
            n = n + 1: brr(i, n) = arr(i, j)         
    
            End If     
    
        Next     
    
        Next         
    
            [g1].Resize(UBound(brr, 1), UBound(brr, 2)) = brr 
    
    End Sub
    
    代码

    代码中的[a1:f6671]是指的选定范围,[g1]是指的存放数据的起始格子。

    最终结果如下:


    结果

    最后自己拷贝放到新的excel即可。

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