师兄说就看一个基因的,MEME网页的结果不理想
homer的话需要服务器操作,那我就试试吧
#针对不同文件使用的分析程序是不同的

启动子 用findMotif.pl 提供基因名字就行,做成txt
基因组(bed 我认为是测序文件)用findMotifsGenome.pl
一句就跑好了
/home/anlei/WORKSPACE/wangwenjing/software/homer_4.1.1/bin/findMotifs.pl geneID.txt mouse out -start -2000 -end 1000
师兄又想看猪的,我还得下个猪的基因组(实验室服务器不联网,我偷偷联网做的,怕被抓呜呜呜)
#homer官网上提供了自己下载fasta格式自己构建的方法
以下两句运行注意看当前工作路径
perl /path-to-homer/configureHomer.pl -list 查看一下猪的是 pig
perl /path-to-homer/configureHomer.pl -install pig -p
不行 promoter咋安装不上啊

perl configureHomer.pl -install pig -p


看来猪的必须要自己做promoter
怎么做呢 >????还没解决
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