师兄说就看一个基因的，MEME网页的结果不理想
homer的话需要服务器操作，那我就试试吧
#针对不同文件使用的分析程序是不同的
启动子 用findMotif.pl 提供基因名字就行，做成txt
基因组（bed 我认为是测序文件）用findMotifsGenome.pl
一句就跑好了
/home/anlei/WORKSPACE/wangwenjing/software/homer_4.1.1/bin/findMotifs.pl geneID.txt mouse out -start -2000 -end 1000
师兄又想看猪的，我还得下个猪的基因组（实验室服务器不联网，我偷偷联网做的，怕被抓呜呜呜）
#homer官网上提供了自己下载fasta格式自己构建的方法
以下两句运行注意看当前工作路径
perl /path-to-homer/configureHomer.pl -list 查看一下猪的是 pig
perl /path-to-homer/configureHomer.pl -install pig -p
不行 promoter咋安装不上啊
promotor还没有
perl configureHomer.pl -install pig -p
这咋回事啊
看来猪的必须要自己做promoter
怎么做呢 >????还没解决
网友评论