导读

前面介绍过网页版LEfSe的使用方法：用LEfSe寻找组间差异细菌。今天学习命令行版的LEfSe使用。

bitbucket地址：https://bitbucket.org/biobakery/biobakery/wiki/lefse

一、测试数据

数据地址：http://huttenhower.sph.harvard.edu/webfm_send/129
数据格式：第一行是样品名，接着是丰度表

二、conda安装

conda install -c biobakery lefse

三、格式化输入数据

format_input.py hmp_aerobiosis_small.txt hmp_aerobiosis_small.in -c 1 -s 2 -u 3 -o 1000000

参数：
-c [1..n_feats] set which feature use as class (default 1)
-s [1..n_feats] set which feature use as subclass (default -1 meaning no subclass)
-o float set the normalization value (default -1.0 meaning no normalization)
-u [1..n_feats] set which feature use as subject (default -1 meaning no subject)

四、LEfSe分析

上一步格式化结果作为lefse输入数据

run_lefse.py hmp_aerobiosis_small.in hmp_aerobiosis_small.res

五、可视化：LDA结果柱形图

lefse分析结果作为可视化输入数据

plot_res.py hmp_aerobiosis_small.res hmp_aerobiosis_small.png

六、可视化：进化树图

lefse分析结果作为可视化输入数据

plot_cladogram.py hmp_aerobiosis_small.res hmp_aerobiosis_small.cladogram.png --format png