linux下megax-cc的使用

1、下载

进入下网址进行下载
https://www.megasoftware.net/show_eua

2、安装与卸载

###安装
cd megax-cc_10.0.5-1_amd64.deb软件目录下
#ubuntu
sudo dpkg -i megax-cc_10.0.5-1_amd64.deb
#centos
sudo rpm -ivh --replace-files megax-cc_10.0.5-1_amd64.deb
###卸载
#ubuntu
sudo dpkg -r mega_package_name     mega_package_name为安装程序文件的名称减去.deb扩展名
则此处mega_package_name为dpkg -i megax-cc_10.0.5-1_amd64
#centos
sudo rpm -e mega_package_name      mega_package_name同上

3、使用

命令如下
megacc -a infer_NJ_nucleotide.mao -d Drosophila_Adh.meg -o demo
上述命令MEGA-CC将会运行Phylogeny | Construct/Test Neighbor-Joining Tree analysis，
使用Drosophila_Adh.meg序列，
生成两个文件，一个newick file (demo.nwk) with the newly created phylogeny，
另一个是a text file (demo_summary.txt) that contains a summary of the analysis，
该命令同样适用于megacc中的其它分析

megacc -h    可查看megacc中可用的选项

4、分析方法文件.mao的获取

蛋白序列、DNA序列以及建树基于的模型不同，具体的参数变换比较多，而linux下无法直接形成该文件，可以先借助Windows版megacc 先生成该文件。
Ⅰ、windows下安装MEGA-X cc
下载地址:https://www.megasoftware.net/

界面如图
Ⅱ、点击右下角prototype模式（analyze为正常使用模式）
如图
Ⅲ、
自行选择，然后点击OK
Ⅳ、在上方工具栏选择进化树构建：PHYLOGENY，并选择基于某个模型进行建树
此处以NJ法为例
Ⅴ、在弹出窗口中进行设置参数，注意序列类型，bootstrap等等，之后保存设置，即可生成后缀为mao的配置文件

该部分参考：https://www.omicsclass.com/article/568

5、若ubuntu下.deb软件安装报错

若运行上述安装命令时，报下图错误

可运行 
apt-get install libgconf-2-4
倘若接着报下图错误

可运行
apt --fix-broken install
再次重新运行安装命令
sudo dpkg -i megax-cc_10.0.5-1_amd64.deb
便可

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