【文献解读】-PEPATAC：一个优化的ATAC-seq数据分析

ATAC-seq（染色质开放区域检测）现在被广泛应用在表观层面的染色质信号检测服务，因为其具有经济高效的实验处理，不需要过多的起始量细胞，就可以得到较好的可用信号。特别是在单细胞技术时代，scATAC和scRNA成了一对关联分析的实验策略，目前也很多大牛实验室在开发一个细胞内同时做转录组和染色质开放区域检测的信号，数据量越来越大，数据分析工具还没有跟得上实验技术的优化速度。这篇文章就是介绍了优化的ATAC-seq分析流程，可以多场景应对大规模数据分析。

主要的分析框架：

优异的质控结果展示：

read peak信号展示：

多样本处理方案：

预处理线粒体数据，减少整体运行时间：

比对策略差异影响The fraction of reads in peaks (FRiP)：

参考材料：https://pepatac.databio.org