崇祯十三年（1640）春天，黄道周在漳浦北山守墓。每天，挑着畚箕培土除草，整理墓地，或者读书写字，著书立说，多数时间闭门谢客。此时，薛国观任首辅，执掌朝政，杨嗣昌掌握兵权，操纵行事。黄道周反对他们当政，认为崇祯皇帝用非其人，心中忧虑重重。
一天，一位奇怪的老和尚来见黄道周，端详良久说：“先生忧虑过重，体内火气长期聚集，看你的脸色，好像朝廷有不利于先生的事情即将发生。”黄道周暗暗称奇，和尚为何这样说呢？便和蔼请教，和尚双手合掌，连声说：“灾祸难于预料啊！”说完低头念阿弥陀佛，离开了。果然，不久后，朝廷下令逮捕解学龙和黄道周。锦衣尉在南昌逮捕了解学龙，命令黄道周自行到南昌接受逮捕，不得延误。
原来在崇祯十二年（1639）冬天，江西巡抚解学龙升任南京兵部右侍郎，将要离职时，按照惯例考察举荐属下官员。解学龙上疏推荐了黄道周，说他德行高尚，可以和孔孟相比。大学士魏照乘上疏对崇祯说，黄道周从朝廷到地方都有人替他说好话，而且还敢于和圣人相比，有结党营私的嫌疑。崇祯最恨结党，本来就认为黄道周结党串通，现在，魏照乘的弹劾，成了压在黄道周身上的最后一根稻草，于是下旨逮捕他们。
黄道周为官清正，德行高尚，为什么崇祯皇帝认为他结党呢？事情起因于两年前，崇祯宵衣旰食，国家内忧外患。李自成、张献忠农民起义军席卷中原大地，声势到了不可遏制的地步。辽东满清骑兵虎视眈眈，不时破长城而入，抢掠一番。崇祯急需人才挽救危局，好不容易发现了正在服丧期的杨嗣昌，夺情起用为兵部尚书，没有想到黄道周上疏认为夺情违反祖制，还举例说明夺情起用的大臣都不得善终，从后来的结果看，黄道周还真不幸而言中。
崇祯十一年（1638）六月十三日，会推大臣进入内阁，杨嗣昌和黄道周都榜上有名。崇祯还让他俩进宫，各写一篇文章。崇祯夸奖黄道周书写工整，书法漂亮。黄道周的背后有一批清正大臣的支持，此时，他踌躇满志。几天后，他写了一封信给大哥黄道琛，告诉家里要低调，一定不能让人投名帖攀亲戚。然而，最终结果是杨嗣昌入阁，黄道周落选。
黄道周连上三封奏疏，一封反对杨嗣昌的施政方针，一封反对也是夺情起用的陈新甲，一封反对辽东巡抚方一藻议和。在崇祯看来，这是有意为之，是帮派之争。这帮东林党人虽然清正为官，以纲常道德为理想，却常常吹毛求疵，无益于时局。
崇祯十一年（1638）七月初五日，崇祯在中极殿平台召见黄道周，问他连上三封奏疏有什么个人目的？黄道周回答说，没有个人目的，只是为了国家的纲常名教。崇祯当然不信，为此发生了剧烈的争论。事后，黄道周以“结党串通”的罪名，被贬为江西布政司都事。
对于欲加之罪，黄道周也是也是一肚子气，他没有到江西赴任，以身体原因请假，直接回到漳浦北山。他在北山墓园左边建“十朋轩”，供奉管仲、诸葛亮等二十六位历史人物，在右边建“九串阁”，供奉屈原、贾谊等三十位历史人物，这些都是历朝历代公认的先贤，以此表明如果有结党串通之罪，那么，所结党串通的就是这些先贤。他用另一种方式向崇祯皇帝，也向天下表明心迹，也是一种无声的抗议。
黄道周是崇祯时代唯一敢于顶撞皇帝的大臣，对于这件事，崇祯每每记忆犹新。万历以来，大臣之间门户之见日深，拉帮结派现象越来越严重，出现了浙党、楚党、齐党。黄道周在福建声望越来越高，搞不好会出现福党，如果任其发展，后果不堪设想。现在，既然魏照乘告黄道周的状，那就先抓进京，以此为突破口，整肃派系林立的朝政。
皇命不可违，黄道周准备就道赴逮。亲朋好友闻讯悲伤万分，黄道周的学生自发筹资，一些地方官员也送来了许多财物，好让他打通各个关节，争取早日从轻结案。黄道周谢却大家的好意，一一退回。
蔡玉卿说：“不需要用这些钱，只是累赘而已。皇上圣明，不久以后奸臣就会自食其果，夫子一定会活着回来，各位不必烦恼忧愁。”
黄道周还跟蔡玉卿说：“秋天谷物收成时，留下自己够吃的就行，多余部分送给生活困难的邻居们。”
他给在铜山老家的大哥黄道琛写了一封信，信中说：“我在墓旁建造小屋居住，守护祖先坟墓，至今有十五年了。一土一石，一草一木，都是我亲手营建和种植。站在依依不舍的小屋面前，思绪万千。我离开墓园而为功名利禄奔波的时间，十五年当中仅有四年多。回忆起往事，从小贫穷困苦，居住没有围墙环绕的安宁，饮食没有山珍海味的供奉，威严的父亲正值盛年而去世，慈祥的母亲也没能享受好日子就离开了。多年来，我粗茶淡饭，自认坚守道德准则，淡泊宁静，与世无争。有生以来，没有一句话一件事，对内不可以告诉妻儿、对外不可以告诉朋友、在阴间不可以告诉鬼神、在阳世不可以告诉天下人的。”
亲友和学生纷纷赶来为黄道周送行，有的送到渡口，有的坚持送到南昌才返回，女婿朱桓、仆人柴敬陪伴黄道周到北京。
此前，南昌有一位彭皙的老先生久闻黄道周大名，非常仰慕。临终时嘱咐儿子彭士望一定要拜黄道周为师。彭士望准备拜访黄道周的时候，恰好听说黄道周蒙冤受难，即将到达南昌，他马上联络各方人士，奔走呼吁，获得捐款1200两白银，要送给黄道周作为在监狱里的费用。彭士望见到了黄道周，说了父亲的嘱托，黄道周非常感动，收下这位未曾教过的学生，但是坚决退回捐款。
囚车经过扬州，当地几百名学子来到长江边，他们想看看这位敢于顶撞皇帝的正直大臣，许多人流着眼泪为他送行。在南京国子监读书的太学生涂仲吉是镇海卫人，他不是黄道周的学生，但特别仰慕黄道周的为人。黄道周囚车经过南京，他来送行，一路跟随送到扬州。随后，又赶赴北京，上疏救黄道周。
囚车颠簸向北驶去，沿途景象衰败荒凉。因为战乱，许多村庄人去楼空，人们扶老携幼，四处逃荒。溃败的部队疲倦地向东方退去，蛮横的骑兵飞驰而过，尘土飞扬。
杨嗣昌为了剿匪，额外向百姓征收“剿饷”，为了训练部队，又向百姓征收“练饷”，加上以前为了应对辽东满洲的“辽饷”，“三饷”导致了许多家庭倾家荡产。沉重的负担逼得百姓没有了活路，只好起来造反。其结果是越剿匪越多。黄道周反对杨嗣昌入阁，说到底是反对杨嗣昌的剿匪措施。崇祯皇帝也知道弊端，无奈国库空虚，想不出更好的办法，只好说，辛苦百姓一年半载。
七月底，锦衣尉押送黄道周到达京师。报告送上去了，圣旨还没有下达。这时，户部主事叶廷秀站出来发声，他和黄道周素不相识，但是了解黄道周的学识人品。他在户部大堂高声说：“我们都是进士出身的官员，现在，当朝最著名的贤者蒙冤受难，我们怎么能够坐视不救呢？”可是那些官员表情冷漠，无动于衷，叶廷秀气得大骂。骂完到另一个部门劝说，人们还是无动于衷，叶廷秀又高声大骂。他逐个部门骂过去，中央六部竟然没有一个人响应。他愤怒之下，回家写奏疏，准备后事，决心以自身力量挽救黄道周。
八月初一日，黄道周、解学龙各杖八十，血肉模糊，惨不忍睹，送往刑部监狱。八月初三日，叶廷秀愤然上疏要求代替黄道周受罪。
崇祯虽然年轻，但是为人多疑刻薄，动辄处罚大臣。听说叶廷秀敢于替黄道周说话，更加怀疑黄道周结党，下令逮捕叶廷秀，廷杖八十。
锦衣卫校尉来到叶廷秀家时，叶廷秀说，我在家等候诸位多时了，请大家看看我的家。校尉进门一看，只见屋里右边只有一个夜壶，左边整齐摆放全套寿衣。叶廷秀说：“我老母亲已经去世，也没有妻儿拖累，今天诸位来帮忙做个了断，我不遗憾。”
黄道周、解学龙、叶廷秀三人大义凛然，让校尉们心生恻隐，一般人廷杖六十下就魂归西天了。但是他们三人用刑，只见棍棒起落，血肉一片模糊，却奇迹般地活了下来。廷杖后，叶廷秀削籍回家。
在西库司刑部监狱里，黄道周伤口感染，痛不欲生，但是他拒不认罪，叹息说：“古人在仁义腐烂的时候，懂得自我保护身体，而我以血肉腐烂的身体维护仁义。”黄道周在狭窄的牢房里躺了八十多天，才勉强能够站立。崇祯十三年（1640）十月下旬，大哥黄道琛的儿子黄子渊到达北京，来到刑部监狱照顾黄道周起居。
黄道周把血衣寄回家，蔡玉卿手捧血衣哭着说：“要留给子孙看，夫子生逢清明时代，却无端在宫墙之下遭受折磨，九次审讯四次拷打，为人臣子，真是痛苦万分啊！”
十月，徐霞客遣长子徐屹到北京探监服侍黄道周，带来四本游记和慰问金，黄道周收下游记，退还慰问金。徐屹一直呆到十二月才离开。
十一月，涂仲吉到达北京，毅然上疏营救黄道周。他写道：“臣感叹黄道周做官二十年，多半时间在守墓，亲自耕作，勤读经书，从不间断。亲友都知道他清贫，乡里都认为他忠孝，他洁身自好，一辈子的学问和操行，只为报答君亲。有幸遇到圣明皇上，就想为国效力，虽然有时候言语过激，但是心底纯洁忠诚。敬请皇上详细考察黄道周，体谅他的清修苦节，赦免他的无辜之罪。希望皇上保全清忠，消除朋党，不给小人落下口实。即便因臣狂妄而杀臣，也死而无憾啊！臣愿意在叶廷秀之后，坐在待罪的草席上接受皇上的惩罚。”
通政使施邦曜是黄道周的好友，深知崇祯的为人。涂仲吉上书替黄道周辩冤，奏疏需经通政使上达。施邦曜知道此案乃皇上钦定，如把这封奏疏直接送给皇帝，不但不能救黄道周，反而对上疏人极为不利。而奏疏中的议论确实写得非常好，正好将此奏疏封存，以流传后世，激励后人。于是未予封进，却在疏后批语：“疏不必上，论不可不存。”还捎话说，“宽以时日，等待时机。”
涂仲吉不理解施邦曜的好心，不明内情，再次上疏，施邦曜再次批复说：“先保留奏疏，以后再说。”涂仲吉还要继续上疏，施邦曜召见涂仲吉说：“我和石斋先生交情最深厚，你年轻，凭着热情冲动不行。”按照礼节，施邦曜不能议论皇帝，只好说，“你的这种过激行为会坏事，希望不要这样做。”可是涂仲吉一心惦记老师黄道周，听不进劝告，以为施邦曜故意耍花招，于是，上疏弹劾施邦曜渎职。施邦曜没有办法，只得三封奏疏一起上呈给皇帝。施邦曜故意置压奏疏的做法，忠直的涂仲吉不能理解，连黄道周也不能理解，他给蔡玉卿写信说，施邦曜不敢转呈奏疏，真的想不到啊！
崇祯一看奏疏更加怀疑黄道周结党，龙颜大怒，下旨逮捕涂仲吉、施邦曜。涂仲吉廷杖一百，关进北镇抚司，施邦曜撤职回家。在追究同谋时，发现右通政马思理同情涂仲吉，曾拨一间屋子给涂仲吉居住，下令逮捕马思理，关进北镇抚司。同时，重新逮捕已经撤职回家的叶廷秀，也关进北镇抚司。
黄道周一边养伤一边构思创作《易象正》，结党营私本来就是子虚乌有的事情，对于案情的发展，他是比较自信的。所以，当身体条件允许时，就开始创作《易象正》中的《历年十二图》和《大象十二图》。当时方仁植先生也关在刑部监狱，他也是易学家，学术观点相近，非常佩服黄道周。他的儿子方以智到监狱里陪伴父亲，因此认识了黄道周，父子俩向黄道周学习了《易象正》的许多知识。后来，方以智成了清初易学大师，还作文回忆黄道周先生，留下了珍贵的史料。此后的一年多时间，黄道周在身边缺少书籍资料的情况下，凭借深厚学养，惊人的记忆力，完成长达五十万字的《易象正》初稿。这部著作后来被誉为象数易经研究的巅峰之作。
崇祯十三年十二月二十四日，锦衣尉突然来到刑部监狱，要带黄道周到北镇抚司。黄道周正在画图，他说，等我画完这幅图再走。锦衣尉厉声说，不行！还把桌上的图纸扫落在地，一时纸片翻飞。黄道周被带走后，方仁植先生一张一张收集起来，方以智看到这些纸片说，皆手书宋体，铁画森严。
受牵连入狱的还有：工部司务董养河，福建闽县人。行人司行人陈天定，福建龙溪人。左中允黄文焕，福建永福人。中书舍人文震亨，江苏吴县人。兵部主事孙嘉绩，浙江余姚人。前后被逮捕共有近二十人，全部关押在北镇抚司。这些人因黄道周案件无端受牵连，黄道周内心非常不安，愧疚不已。
同时，崇祯认为刑部办案不力，时任刑部尚书李觉斯被撤职，刑部主事吴文炽廷杖六十。兵部侍郎刘泽深升任刑部尚书。
北镇抚司亦称“北寺”“诏狱”， 就是由皇帝直接掌管的监狱，罪犯都是由皇帝亲自下诏书定罪，直接听命于皇帝，无需经过任何司法程序，关进去的人很少有人活着出来。
黄道周在北镇抚司经历了九次审问，四次拷打，手指被并排夹住，用竹签插入，鲜血淋漓，痛彻肺腑。黄道周被指控以100两白银贿赂解学龙举荐任用。指控以300两白银收买涂仲吉上疏相救，还派遣仆人柴敬给叶廷秀通风报信。更重要的是和被逮捕的官员结成地方派别。所有这些，黄道周全部予以否认，他只承认讲学结社。
为了取得口供，主审官下令对簿公堂。那天，二十多位犯人来到会审大堂，这些可都是正人君子啊！他们戴着脚镣手铐，步履蹒跚，踉踉跄跄，多数互不相识，却因为结党营私的罪名被逮捕拷打。叶廷秀低头作揖问道：“哪一位是黄道周老先生呢？”黄道周退一步，认真端详着说：“啊！你就是叶老先生呀！”叶廷秀再次作揖说：“在这里终于认识先生了！”大家又悲又喜，感慨叹息，一起匍匐在地聆听主审官的质问。
涂仲吉对主审官慷慨激昂说：“我孤身一人万里迢迢来到京师，只带着一颗忠心，哪里会受别人指使。如果一定要追究所作所为的指使者，那么请剖开我胸膛，把我的心肝拿去给皇上看看。”这话传到皇帝那里，崇祯也颇为感动，但是不想马上释放黄道周。
崇祯十四年（1641）五月十六日，黄道周给蔡玉卿写了一封信，信中说：“自从去年冬天到北镇抚司，现在又过了六个月了，备受折磨，吃了许多苦，想念家乡和墓园，遥远如在天上。仰赖天地祖宗的圣灵，七尺身躯尚能保存，日常生活没有问题，子渊和（仆人）柴敬两人早晚伺候，勉强聊天闲谈，以此等待解开法网。（女婿）子长已经回去，可能已经到家了。子中、子成、子和三个儿子，由大哥看管，只要读书懂道理，不违背忠孝大义就满足了。悠悠世道，仰头询问苍天。”
在诏狱里，黄道周大难不死。五月二十日，黄道周再次转到西库司刑部监狱，进入正常的司法诉讼过程。那时，昆山秀才朱永明仰慕黄道周，带着一百铜钱也来到北京。黄道周转到刑部监狱后，他自愿入狱，在床前向黄道周行跪拜礼，请求留下伺候。
监狱管理腐败黑暗，犯人必须向狱卒送钱，才不会受到虐待。当初，亲朋好友曾经集资捐款，都被黄道周婉言谢绝，现在却没有钱给狱卒。狱卒说，先生是书法家，你的字可以卖钱，你写字送给我们就可以了。黄道周答应了，他想，我一辈子坚持仁义道德，百善孝为先，我出则为官，入则守墓，目的就是为了向世人树立孝的榜样。于是，黄道周抄写《孝经》送给狱卒，抄了一本又一本，总共抄写了一百二十本，希望能够感化他们。
人们喜欢黄道周书法，他抄写的《孝经》有一些在大臣中传阅，崇祯皇帝在宫里也经常看到黄道周抄写的《孝经》，他翻阅之后说黄道周沽名钓誉。
在刑部监狱里，有一段时间黄道周和叶廷秀、董养河关在一起，他们三人吟诗唱和，表明心迹。每韵由叶廷秀首唱，董养河、黄道周相继应和，共得三十韵九十首，结集《西曹秋思》，后来刊刻出版。
黄道周还写信给大儿子黄子中，信中说，“你今年已经十岁，有能力阅读古人的书籍，应当明白一些道理，比如人的正邪判断，事物的是非标准。不懂的都要向老师询问，掌握大概要义。至于伺候双亲应当尽孝、伺候君王应当忠诚、伺候长辈应当和顺、和朋友相处应当讲信用、待人接物应当尊敬礼貌，这些都是不需要督促而应该知道的。子成、子和还小，要时时刻刻爱护和教育他们。一定要尊敬老师，不可以有一丝一毫的怠慢，言行举止和日常生活都必须以礼相待，不可有片刻鲁莽。听见别人小孩言语粗俗下流，就应该义正严辞纠正，见到长辈要肃然起敬，遇到官员下来视察，要穿青袍，见面时要下跪。
每时每刻惦念你父亲的艰难孤苦，按时到北山墓园清理打扫，去见大伯父时一定要呈上所读的经书，不可有一丝一毫的冒犯。使唤家僮仆人不可以出声骂人，他们也是人子，也有自尊心，道理都是一样的。我的身体听命于皇上，你不必烦恼愁苦，你读书只要能够以圣贤为师，我的心愿就满足了。明年春天看看能否回家，你千万不能放弃学业。”
黄道周写信回家，每信必叮咛墓园要整理好，一定询问儿子们的学习情况，比如在一封信里说：“子中、子成诵读《四书》，复习《诗经》《尚书》两部经典，再诵读《礼记》《易经》等篇幅长的著作，都要讲解大概意思，看一些笔记文章和历史故事，以及学习文字训诂知识，千万不要停止学习。”
时任首辅薛国观与杨嗣昌是一伙的，崇祯十四年四月，杨嗣昌在前线病死，许多大臣上疏弹劾杨嗣昌误国，也弹劾薛国观受贿，崇祯皇帝很生气。薛国观上《辩脏疏》自我辩护，连带说黄道周被逮捕入京时，利用声望收取了大量礼金，还说黄道周在福建和浙江讲学是结党。因为这样，使得案情转向复杂。一时间，一些不怀好意的人夸大其词说，黄道周声望崇隆，在福建有许多追随者，一个叫做“福党”的政治派别正在形成。
然而，在刑部过堂审理时，这些都查无实据，不了了之。反而是薛国观受贿坐实，崇祯大怒，于八月初五日下诏薛国观自尽，这是从嘉靖朝夏言以来，第二个被处死的首辅。
继任首辅范复粹，依法进行大赦，释放了许多人，黄道周却不在大赦之内。原因是黄道周一案是崇祯皇帝钦定，没有皇帝批准，谁也不敢作主。
黄道周知道被捕的根本原因是反对崇祯皇帝任用杨嗣昌，为此写了《狱中自明揭》，全面叙述自己的主张，假如不幸死去，此文可以作为伸冤证明。他认为杨嗣昌加征赋税，增加百姓负担无异于饮鸩止渴。流寇没有信用，一定不可以议和，鞑虏不讲仁义，一定遗祸中原。认为必须选拔良臣干将，简化行政管理，肃清贪官污吏，发动群众，寓兵于民，只要这样做，就能够肃清流寇，打败鞑虏，天下太平的局面就会到来。
崇祯认为这些措施无法马上显现效果，必须长期执行才行，现在需要的是马上扭转局势的人才，认为黄道周的想法虽好，但是没有可操作性。一天，崇祯和太监王坤在中极殿闲聊，崇祯问王坤说：“外面的人们都敬重黄道周，究竟是什么原因？”王坤回答：“他这个人读书多，操行也好，所以人们敬重他。”崇祯说：“书是读得很多，但是很不懂事。这个人非常固执，所说的腐儒，就是他这样的人。”
崇祯不拘一格起用能人杨嗣昌，最终身败名裂。几任首辅如张至发、薛国观、范复粹不是无能，便是贪婪之辈。此时，前首辅周延儒罢官居家，与东林党人走得很近。复社领袖张溥是黄道周好友，极力运作周延儒复职，并希望他营救黄道周。崇祯十四年九月，周延儒再次出任首辅，起用了一大批东林党人，如郑三俊任吏部尚书、刘宗周任左都御史、范景文任工部尚书、倪元璐任兵部右侍郎。这些人为黄道周出狱提供了客观支持。礼部右侍郎蒋德璟、少詹事黄景昉更是奔走呼救。崇祯在一次召见刘宗周时说，黄道周是有学问有操守的大臣。
崇祯在如何处罚黄道周的问题上犹豫不决，刑部尚书刘泽深上疏说：“事情再发展下去，黄道周只有被处死了。生死是大事，臣不敢不慎重。自古以来处死的，都是因为封疆大臣没有尽到守卫的责任，或者罪恶深重的贪官污吏，从来没有因为提意见被处死的。黄道周不是封疆大臣，也不是贪官污吏，处死他反而成就了他的名声。况且，皇上所怀疑的是结党，结党就有派系，有相聚，黄道周都没有这种现象。没有结党怎么能动用朝廷大法呢？黄道周提建议有人附和是正常现象，已经有处分了，皇上已经下旨转入刑部监狱进入司法程序，建议判决他流放湖南辰阳。”崇祯最终同意刑部的意见。
明朝法律规定，充军流放允许缴纳赎金。年初亲家魏呈润复官起用来京，带来了亲友馈赠的钱物，兑换后有1000两白银。本来可以用这笔款缴纳赎金，可是黄道周坚持退还亲友。他宁愿流放，也不愿用亲友的钱缴纳赎金。黄道周写信对夫人蔡玉卿说：“充军流放都允许缴纳赎金，然而我一辈子读书，清正廉洁，更没有用千两白银缴纳赎金的道理。”
崇祯十四年十二月十九日，黄道周出狱赴戍。解学龙、叶廷秀、施邦曜、马思理等人也分别结案，有的被削籍为民，有的流放。
崇祯十五年（1642）二月，黄道周出京，踏上前景渺茫的流放旅程。四月十五日到达杭州，浙江的弟子从各地赶来和老师相聚。黄道周非常高兴，只要和学生在一起，就是最开心的时候，他介绍了《易象正》的创作过程，说等修改完毕，准备在杭州出版。四月二十五日，黄道周和学生们来到一手创建的大涤书院，开始了第三次大涤讲学，这次讲学持续到五月下旬。参加弟子有：陈子龙、陆自岩、何瑞图、张履祥、陈之麟、曹振龙、朱朝瑛等48人。
在黄道周五次大涤书院讲学中，这次时间最长，参加人数最多，讲学内容最为广泛。黄道周分几个主题讲学，其一是《三易》，分析比较三易产生和发展。其二是儒学，着重谈论朱熹与陆九渊的争论以及如何格物致知。其三，谈论《诗经》与音律的问题。这些讲学内容后来结集《大涤问业》。
大涤书院就在洞霄宫旁边，洞霄宫里，几百年来供奉朱熹、李纲神位，讲学之余，黄道周经常来到这里祭拜二位先贤。又游览了归云洞，此处峻峭秀美，别有洞天，所到之处泉水潺潺，懋竹森森。黄道周感叹说：“不知道五百年以后，有谁还想起这座大涤名山，就像我想起朱熹、李纲一样。”
五月下旬，黄道周离开大涤书院，经杭州、南京赴戍。六月到达江西九江西林寺，疟疾发作，卧病不起。黄道周住在西林寺，一边养病，一边修改《易象正》，完成定稿后，把它托付给学生陈之麟。陈之麟字彦升，浙江海宁人，崇祯十年（1637）榜眼，任翰林院编修，黄道周是那年会考的分考官。此后，陈之麟一直追随黄道周，他把《易象正》带到杭州，于崇祯十六年（1643）刊刻出版。
八月，在北京，崇祯皇帝召见蒋德璟、周延儒、黄景昉、陈演等大臣谈论局势。诸位大臣趁机劝说崇祯赦免黄道周。二十五日，崇祯降谕吏兵二部，黄道周以“清操力学”免戍还职。
十月份，黄道周接到圣旨，赫然写道：“永远戍边的黄道周，罪有应得。但是他操守清白，学问卓越，已经受到惩罚和创伤，应当改过自新。特别准许赦免，召还复职。以此彰显朕奖励清廉、崇尚学问、宽宥过错、爱惜人才的诚意。特谕。”
黄道周按照礼仪设立香案，匍匐在地叩头谢恩。崇祯喜怒无常，恢复黄道周“经筵日讲官、詹事府少詹事协理府事兼翰林院侍读学士”的职位。黄道周恍然如梦，对崇祯深深失望，以老弱病残为由，向朝廷请求退休，写了一封《免戍辞朝疏》，疏中写道：
“臣少年孤苦贫寒，长大只会写字抄书，只懂得坚守为臣之道。现在臣垂垂衰老，将近六十岁了，体弱多病，只剩下一口气，而且臣还没有完全改正以前的错误，希望回到石养山墓园，唱着击壤歌聊以度日。
臣生逢盛世，遇到圣明君主，脱离法网。祝愿陛下持身恭敬，龙体健康，矢志不渝培养正气，选择廉洁干练大臣治理国家，防御鞑虏，扫除流寇，使宗庙社稷早日平安，臣即使在朝夕之间死去，也会和在九泉之下的父母报答皇恩无穷无尽。”
黄道周一行返回留都南京，得知崇祯还没有赦免解学龙、叶廷秀，立即上《乞赦解学龙叶廷秀疏》，疏中说：“臣刚刚离开了禁锢之地，不敢马上有所呼吁，但是叶廷秀病情严重，谢学龙垂暮衰老，都在计日当岁，度日如年啊！陛下既然用特别恩旨赦免臣，再次乞求陛下恩旨赦免诸位因臣而受牵连的人。”奏疏呈上，崇祯下旨赦免诸位大臣。
黄道周来到钟山孝陵，拜谒太祖高皇帝，他跪倒在地，老泪纵横。一面发誓再也不入朝为官，从此终老山林。一面哭诉说，是朝廷舍去臣，不是臣舍去朝廷。他向北方拜了拜，整理好行装，起程回到漳浦北山墓园。
2020年12月2日
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