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bcftools和vcftools的非root安装

bcftools和vcftools的非root安装

作者: vicLeo | 来源:发表于2020-01-15 09:37 被阅读0次

摘录自:寂寞先生 http://www.htslib.org/download/

安装

wget -c https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.10.2/bcftools-1.10.2.tar.bz2
tar xvf bcftools-1.10.2.tar.bz2
cd bcftools-1.10.2
./configure --prefix=/home/lchen/biosoft/bcftools-1.10.2/htslib-1.10.2  **如果你不是root,也没权限,只能把所有东西往属于你的小地方放**
make
make install

编译安装

(base) lchen@VM-0-8-ubuntu:~/biosoft/bcftools-1.10.2$ echo 'PATH=$PATH:/home/lchen/biosoft/bcftools-1.10.2/htslib-1.10.2/bin:$PATH' >> ~/.bashrc  ### **详细写清楚最后进入安装时的文件夹名称**
(base) lchen@VM-0-8-ubuntu:~/biosoft/bcftools-1.10.2$ source ~/.bashrc

运行

(base) lchen@VM-0-8-ubuntu:~/biosoft/bcftools-1.10.2$ bcftools
bcf.png

安装vcftools
参考: 爱学习Guocc

下载地址为:https://sourceforge.net/projects/vcftools/files/
不想去官网可以选择SourceForge, 复制所需版本的链接地址 后https://sourceforge.net/projects/vcftools/files/vcftools_0.1.13.tar.gz/download,记得去掉/download

 wget -c https://sourceforge.net/projects/vcftools/files/vcftools_0.1.13.tar.gz
tar zxvf vcftools_0.1.13.tar.gz
cd vcftools_0.1.13
make

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