在基因预测之前，先要mask基因组序列；同源注释本次选择用genewise软件

软件安装

1 . genblasta
点击此处进行下载

下载即可运行

2. genewise

点击此处进行下载 安装

安装较为复杂，安装该篇文章同源注释工具GeneWise安装和使用 进行安装即可

具体如下：
首先，下载，解压，进入安装目录

cd ~/src
tar zxf wise2.4.1.tar.gz -C /opt/biosoft/
cd /opt/biosoft/wise2.4.1/src

第一步，将src目录下所有makefile中的glib-config替换成glib-2.0

find . -name  makefile | xargs sed -i 's/glib-config/pkg-config glib-2.0/'

第二步，替换genewise使用库中函数名发生改变的部分，例如getline,现在是getline_ReadSeqVar

perl -p -i -e 's/getline/getline_ReadSeqVars/g' ./HMMer2/sqio.c
perl -p -i -e 's/isnumber/isdigit/' models/phasemodel.c

第三步，将csh改成sh

perl -p -i -e's/csh welcome.csh/sh welcome.csh/'  makefile

第三步，解决编译过程中g_hash_table_foreach_remove的bug, 似乎在Linux平台不存在这个问题

sed -i 's/-ldyna_glib/-ldyna_glib `pkg-config --libs glib-2.0`/' models/makefile

最后编译加测试

make all
export WISECONFIGDIR=~/opt/biosoft/wise2.4.1/wisecfg
make test

修改环境变量

echo 'PATH=$PATH:~/opt/biosoft/wise2.4.1/src/bin/' >> ~/.bashrc
echo 'export WISECONFIGDIR=~/opt/biosoft/wise2.4.1/wisecfg/' >> ~/.bashrc 

大概流程

大概流程即为先使用genblasta将蛋白与masked genome进行比对，获得相应比对区域，即得到*.gblas结尾文件。根据其比对区域，每一次调取一个区域进行genewise预测即可。

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