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使用STAR构建基因组比对索引--问题及解决方法

使用STAR构建基因组比对索引--问题及解决方法

作者: wangyantao1991 | 来源:发表于2021-04-25 19:31 被阅读0次

    来吧,生信搞起!

    首先拿到公司给的cleandata,使用STAR进行参考基因组比对,软件安装参考其他网站给的步骤;

    下面是在建索引时遇到的问题,我是小白,啥都不懂,按照给的说明:

    结果,一顿报错猛如虎。。。。小弟内心是崩溃的。

    然后,大神一看,我靠,波浪线代表根目录,这玩意可不能随便用,尤其是我们用的是集群。于是去掉波浪线,重新做。就出现下面的错误了,内存不足!!

    大神终于看不下去了,于是帮我修改了语句:附大神的脚本

    /public/home/liuxiaofeng/biosoft/STAR-master/bin/Linux_x86_64_static/STAR 

    --runThreadN 4 --runMode genomeGenerate 

    --genomeDir ref.fa (我之前的语句没有对索引文件命名)

    --genomeFastaFiles /vol3/agis/zhoushaoqun_group/wangyantao/reference/S_aethiopicum_genome_fasta 

    --sjdbGTFfile /vol3/agis/zhoushaoqun_group/wangyantao/reference/S_aeth_gene.gff

    据说,这语句也会爆出内存不足,于是乎:

    /public/home/liuxiaofeng/biosoft/STAR-master/bin/Linux_x86_64_static/STAR 

    --runThreadN 4 --runMode genomeGenerate 

    --limitGenomeGenerateRAM 115005046144 

    --genomeDir ref.fa 

    --genomeFastaFiles /vol3/agis/zhoushaoqun_group/wangyantao/reference/S_aethiopicum_genome_fasta 

    --sjdbGTFfile /vol3/agis/zhoushaoqun_group/wangyantao/reference/S_aeth_gene.gff

    大神说,可以了,让我先去试试看吧

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