来吧,生信搞起!
首先拿到公司给的cleandata,使用STAR进行参考基因组比对,软件安装参考其他网站给的步骤;
下面是在建索引时遇到的问题,我是小白,啥都不懂,按照给的说明:
结果,一顿报错猛如虎。。。。小弟内心是崩溃的。
然后,大神一看,我靠,波浪线代表根目录,这玩意可不能随便用,尤其是我们用的是集群。于是去掉波浪线,重新做。就出现下面的错误了,内存不足!!
大神终于看不下去了,于是帮我修改了语句:附大神的脚本
/public/home/liuxiaofeng/biosoft/STAR-master/bin/Linux_x86_64_static/STAR
--runThreadN 4 --runMode genomeGenerate
--genomeDir ref.fa (我之前的语句没有对索引文件命名)
--genomeFastaFiles /vol3/agis/zhoushaoqun_group/wangyantao/reference/S_aethiopicum_genome_fasta
--sjdbGTFfile /vol3/agis/zhoushaoqun_group/wangyantao/reference/S_aeth_gene.gff
据说,这语句也会爆出内存不足,于是乎:
/public/home/liuxiaofeng/biosoft/STAR-master/bin/Linux_x86_64_static/STAR
--runThreadN 4 --runMode genomeGenerate
--limitGenomeGenerateRAM 115005046144
--genomeDir ref.fa
--genomeFastaFiles /vol3/agis/zhoushaoqun_group/wangyantao/reference/S_aethiopicum_genome_fasta
--sjdbGTFfile /vol3/agis/zhoushaoqun_group/wangyantao/reference/S_aeth_gene.gff
大神说,可以了,让我先去试试看吧
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