抗战胜利后，叶企孙被指定代理清华大学校长、联大常委并主持工作，为实施国民政府“种子计划”，力挺物理学天才李政道公费出国留学并取得留美成功。清华复员回北平，是除梅之外清华第二号实力派人物。梅南飞时，想拉叶离开北平，但叶自信作孽无多，共产党也需要教书匠，坚持留下来迎接新政权。
梅出走后，清华事务暂由冯友兰为主席的校务委员会维持。未久，以吴晗为军代表，接管全盘事务。冯之所以丢掉了清华一把手的纸糊官帽，一是政治上的幼稚，国民党撤退前，在清华空地丢了十二枚炸弹，以示震慑，毛主席发来慰问电以示关心和安抚，冯只是把来电在学校布告栏内一公布，没有大肆宣传。二是吴晗之前悄悄跑到清华会计科领离校几个月的工资，被拒绝。后在接收委员会上就清华对从解放区回来人员登记方面发言。冯友兰遭到了训斥和警告。后校委会改组，冯被踢出领导圈。直到十七年后，成为江青卵翼下的一员，目暏了吴晗的结局，算是出了一口恶气。
吴晗出任北京市副市长后，叶企孙正式成为清华园的一把手。叶企孙属于敦厚学者型人物，性温口讷，且有牢固的自由思想和独立精神，并不适合跻身仕位。他一直作为无党派人士立足学界，且终身未娶，视学生为儿女。不知道看风视水，政治不是他玩得了的，悲剧的命运就不可避免。
中共接收清华后，盛行检讨之风，清华一些学生被迫做自我检查，叶企孙说共产党的自我检查，有点像基督教、天主教的忏悔，如果让清华的教授也这样做，可能有好些人会自杀。几年后竟成谶语。朝鲜战争爆发，又妄议战争等。他的言论和表现激努了当局，下令清华师生对其狂风暴雨式的批评。喊打中，被赶下台来。
中共对院校调整，南开由私立改为国立，由美帝国主义庚款起家的清华，属于重点调整与清算的对象，文学院、法学院、理学院被割掉，五四运动策源地和革命摇蓝的北大，成为最大受益者，兼并了清华三院，并燕大的校产与全部教职员工与学生。北大属于胡适派的教授被调出北大。清华三院交出的同时，馆藏的全部文、法图书一同交于北大，幸亏被年轻气盛的新任校长蒋南翔制止了，为30多年后清华顺利恢复文科埋下一条暗道。蒋又以深远的眼光和宏大的气魄将清华园奋力向南、向东拓展，并以惊人的处事能力把东部的铁路推出新规划的校园之外。
随着院系调整结束，清华维系了几十年的校务委员会与“教授治校”被抛弃，开展了马列主义路线治校的新时代。叶企孙调北大物理系，讲授光学等基础课程。忘记了这位黑发渐白的老人乃是中国物理学界的一代宗师。
随着文革的爆发，铁道部长吕正操遭到关押，叶企孙因学生熊大缜的株连而遭受厄运。叶在卢沟桥事变后，被梅贻琦指令在天津成立清华同学办事处，主持天津转赴南方的清华教职员工接待事宜，熊大缜作为助手随侍左右。熊大缜被一个同学鼓动，突然向叶辞行，说要到冀中区去，帮助武装抗日。吕正操原是张学良的副官，后出任八路军第三纵队司令员兼冀中军区司令员等职，在冀中，创建了共产党领导的第一块平原抗日根据地。叶企孙在支持抗战的思想下，帮熊大缜购买需要的化学原料等，并介绍了一批毕业生去翼中参加技术硏究社，开展各种军火通迅设备的硏制工作。吕部能与强大的日军机械化部队抗争，很大一部分取决于熊大缜等发挥的科学技术作用，不但没有消灭，反而创造了二次世界大战史上的奇迹。晋察冀军区除奸部怀疑熊大缜等知识分子是国民党派来的特务，秘密逮捕。日军趁技术社人员被押，弹药供给不足，轰狂扫荡。熊大缜在转移中被密谋枪决，熊大缜说抗战正紧，弹药奇缺，你们想个别的办法，省下一颗子弹圢鬼子吧！遂被用石头击毙命。
2024年7月20日
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