infercnv画图失败解决方案

探序基因肿瘤研究院   整理

在github下载了infercnv的代码，在inferCNV_ops.R找到了主要的运行函数，run函数，控制画图的变量为：plot_steps，画图函数为：plot_cnv（）

例如：

if (plot_steps) {

            plot_cnv(infercnv_obj,

                    k_obs_groups=k_obs_groups,

                    cluster_by_groups=cluster_by_groups,

                    cluster_references=cluster_references,

                    plot_chr_scale=plot_chr_scale,

                    chr_lengths=chr_lengths,

                    out_dir=out_dir,

                    title=sprintf("%02d_invert_log_transform log(FC)->FC",step_count),

                    output_filename=sprintf("infercnv.%02d_invert_log_FC",step_count),

                    output_format=output_format,

                    write_expr_matrix=write_expr_matrix,

                    write_phylo=write_phylo,

                    png_res=png_res,

                    useRaster=useRaster)

        }

}