1. 单端数据

hisat2 -p 16 -x reference -U reads.fastq output.sam

-p : 线程数
-x : reference路径和文件名前缀
reads.fastq : 单端测序序列文件

给出索引路径和文件名时，一定只给出索引文件的前缀，即.x.ht之前的部分

比对结束后，输出是 .sam 格式

2. 双端数据

hisat2 -p 16 -x reference -1 read1.fastq -2 read2.fastq output.sam

-p : 线程数
-x : reference路径和文件名前缀
-1 : read1路径和文件名
-2 : read2路径和文件名

给出索引路径和文件名时，一定只给出索引文件的前缀，即.x.ht之前的部分

比对结束后，输出是 .sam 格式

RNASeq实战练习-hisat2比对与featurecount
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2019.10.22 勤奋，在思考和文献中游走。 1. 序列比对、DNA序列比对、蛋白质序列比对、BLAST比对搜...