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Bulk-RNA-seq: RPFM/ FPFM/ TPM

Bulk-RNA-seq: RPFM/ FPFM/ TPM

作者: LET149 | 来源:发表于2023-03-15 18:18 被阅读0次

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https://zhuanlan.zhihu.com/p/340290527

1. RPKM

Reads Per Kilobase Million

仅适用于单端测序

1.1 RPM

reads_number_of_every_gene/(total_reads_number_of_this_data/1000000)

1.2 RPKM

RPK/transcription_length_of_every_gene(Kilobase)

2. FPKM

Fragments Per Kilobase Million

仅适用于双端测序,这里用Fragments来替代Reads,因为双端测序中来自同一分子的两次测序应该被计算一次而不是两次,也就是说,此时被count出来的已经不是Read而是Fragment

FPKM的计算方式和RPKM相同

3. TPM

Transcripts Per Million

是不同于RPKM的计算方式

3.1 RPK

reads_number_of_every_gene/transcription_length_of_every_gene(Kilobase)

3.2 TPM

RPK_of_every_gene/(total_RPK_of_all_gene/1000000)

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