https://www.jianshu.com/p/e896e998aa24
https://zhuanlan.zhihu.com/p/340290527
1. RPKM
Reads Per Kilobase Million
仅适用于单端测序
1.1 RPM
reads_number_of_every_gene/(total_reads_number_of_this_data/1000000)
1.2 RPKM
RPK/transcription_length_of_every_gene(Kilobase)
2. FPKM
Fragments Per Kilobase Million
仅适用于双端测序,这里用
Fragments
来替代Reads
,因为双端测序中来自同一分子的两次测序应该被计算一次而不是两次,也就是说,此时被count
出来的已经不是Read
而是Fragment
FPKM
的计算方式和RPKM
相同
3. TPM
Transcripts Per Million
是不同于
RPKM
的计算方式
3.1 RPK
reads_number_of_every_gene/transcription_length_of_every_gene(Kilobase)
3.2 TPM
RPK_of_every_gene/(total_RPK_of_all_gene/1000000)
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