二代测序: 可变剪切

1. rMATS

https://www.jianshu.com/p/20cc5db81681
https://zhuanlan.zhihu.com/p/500845376
https://blog.csdn.net/weixin_42910678/article/details/123587203

1.1 rMATS的安装

要创建新的 Conda 环境，否则安装不成功

1.2 rMATS的使用

rmats.py --b1 ./CD.txt \
         --b2 ./HSD.txt \
         --gtf /storage/YZY/Reference/Drosophila/Dmel/dmel-all-r6.37.gtf \
         --od /home/Application/rMATS/rMATS_results_of_CD_and_HSD \
         --tmp /home/Application/rMATS/Cache \
         -t paired \
         --readLength 150 \
         --cstat 0.0001 \
         --nthread 50

--b1 b1.txt 输入sample1的txt格式的文件，文件内以逗号分隔重复样本的bam文件名
--b2 b2.txt 输入sample2的txt格式的文件，文件内以逗号分隔重复样本的bam文件名
-t readType 双端测序则readType为paired，单端测序则为single
--readLength 测序reads的长度,可以从质控报告看
--gtf gtfFile 需要输入的gtf文件
--od outDir 所有输出文件的路径（文件夹）
--nthread 设置线程数
--cstat The cutoff splicing difference. The cutoff used in the null hypothesis test for differential splicing
--statoff，进行单样本或者是单组的分析，并跳过统计分析
--tmp 中间文件的存放路径

1.3 可变剪接结果的可视化

rmats2sashimiplot