如果你保留了SRA文件，可以用以下命令来检查：
for i in `ls *.gz`;
do
SRR=${i%%_*};
echo$SRR >> list.txt;
done
for j in `sort -u list.txt`
do
vdb-validate $j
done
如果你已经删掉了SRA文件，但生成了fastq文件，通过fastq-dump --split-files --gzip SRR949210方法得到的。那么，可以尝试以下命令：
for i in `ls *fastq.gz`;
do
gunzip -t $i 2 > $i.err
done
find . -name "*err" -type f -size +0c -exec -larth {} \;
#注意结尾反斜杠和分号不能少
#exec是个有用的命令。
你会得到一系列fastq.gz.err文件，若为空则无错。
参考来源 https://www.jianshu.com/p/9cd92f568295
如果你保留了SRA文件，可以用以下命令来检查： for i in `ls *.gz`; do SRR=${i%%_...
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本文标题：NCBI下载SRA数据检测完整性
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/lmzhwltx.html
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