合并表达矩阵

在跑完htseq或者featureCounts之后会生成很多个如下的样本表达矩阵：

image.png

我们看一下每个样本有多少行：

wc -l 样本.count

发现都是55455行，这样的话就可以按行合并：

image.png

paste SRR3589959.count SRR3589960.count SRR3589961.count SRR3589962.count > merge.count

最后生成如下矩阵：

image.png

这时候发现gene_id是一样的，我们可以提取我们想要的列，比如要第1,2,4,6,8列：

awk '{printf $1 "\t" ; for (i=2; i<=NF; i=i+3) printf $i "\t" ; print $i}' merge.count > merge2.conut

image.png

最后就拿到我们想要的合并的表达矩阵。

当然你也可以一步到位：

paste ./SRR3589959.count ./SRR3589960.count ./SRR3589961.count ./SRR3589962.count | awk '{printf $1 "\t" ; for (i=2; i<=NF; i=i+2) printf $i "\t" ; print $i}' > ./merge.count

或者加个通配符：

paste ./*.count | awk '{printf $1 "\t" ; for (i=2; i<=NF; i=i+2) printf $i "\t" ; print $i}' > ./merge.count