问题来源

今天合并两个表达矩阵的时候，使用impute包对矩阵补充缺失值的时候出现了这样的报错

datExpr <- read.csv("gene_exp.csv",row.names = 1)
datExpr <- as.data.frame(datExpr)
library(impute)
#KNN法计算缺失值
imputed_gene_exp = impute.knn(datExpr,k=10,rowmax = 0.5,
                              colmax=0.8,maxp =3000, rng.seed=362436069)
datExpr2 = imputed_gene_exp$data
Error in storage.mode(x) <- "double" : 
  (list) object cannot be coerced to type 'double'

解决思路

这时候其实就是把错误往谷歌里贴一下，看几个答案也就解决了，没注意代码里我是对读入的矩阵进行了数据框的操作(as.data.frame)，所以读入进来的并不是矩阵(as.matrix)，而是数据框，重新

datExpr <- read.csv("gene_exp.csv",row.names = 1)
datExpr <- as.matrix(datExpr)
library(impute)
#KNN法计算缺失值
imputed_gene_exp = impute.knn(datExpr,k=10,rowmax = 0.5,
                              colmax=0.8,maxp =3000, rng.seed=362436069)
datExpr2 = imputed_gene_exp$data

这时候就没再报错了，哎，GEO跟TCGA数据挖掘的时候其实很多时候是数据源头出错了，所以，恶补一波基础很重要呀！

我是小琪，一枚有点小理想的小医生，咱们明天见！

作者：解琪琪
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来源：简书
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