数据处理|R-dplyr

作者: 生信补给站 | 来源:发表于2019-08-06 10:08 被阅读3次

    dplyr包实现数据的清洗处理,包括数据整合、关联、排序、筛选、汇总、分组等。


    1)安装、加载dplyr包、准备数据

    install.packages("dplyr") #加载dplyr包

    library(dplyr)  #载入dplyr包

    使用dplyr包处理数据前,建议先将数据集转换为tbl对象

    data(iris)  #本文使用iris示例数据集。

    class(iris)  #简单查看数据集

    head(iris)

    iris<-tbl_df(iris)    #转化tbl对象

    2)数据记录筛选(行筛选)

    filter函数:按指定条件筛选符合条件中逻辑判断要求的数据记录。

    filter(iris, Sepal.Length == 7)

    Q:筛选花萼长大于7,花萼宽带大于等于3的数据?

    filter(iris, Sepal.Length > 7 & Sepal.Width>3.0)

    Q:筛选出Species 为setosa或virginica的行

    filter(iris,Species %in% c("setosa","virginica"))

    3)变量筛选(列)

    select函数:可以通过指定列名选择指定的变量进行分析,得到的为选择的列。

    select(iris,Sepal.Width,Petal.Length,Species)

    其他特殊选择,可匹配:

    select(iris,contains("." )) #选取名称中含有字符的列

    select(iris,ends_with("Length")) #选取名称以指定字符串结尾的列

    select(iris,starts_with("Sepal")) #选取名称以指定字符串为开头的列

    select(iris,Sepal.Length:Petal.Width) #选取在Sepal.Length和Petal.Width之间的所有列(包含Sepal.Length和Petal.Width)

    select(iris,-Species) #选取除Species以外的所有列

    Select(iris,……)

    区别:Filter&Select

    Filter:通过一些准则选择观测值(行)

    Select:通过名字来选择变量(列)

    更名变量名: Select  &  Rename

    head(select(iris,Sepal.W=Sepal.Width)) #只会保留选择的变量

    head(rename(iris,Sepal.W=Sepal.Width)) #保留所有变量,可以用来改名

    4)数据排序(重要,大小,去除异常值)

    arrange函数按给定的列名进行排序,默认为升序排列,也可以对列名加desc()进行降序排序。

    arrange(iris,Sepal.Length) # 将数据按照Sepal.Length升序排序

    Q:将数据Sepal.Length先升序,后Sepal.Width降序排序:

    arrange(iris,Sepal.Length,desc(Sepal.Width))

    5)变量变换/重构

    mulate()函数可以数据拓展,也可以在保留原变量的基础上增加变量,进行数据处理。

    mutate(iris,sepal = Sepal.Length + Sepal.Width)

    transmute()函数在扩展新变量的时候,会删除所有原始变量

    transmute(iris,sepal = Sepal.Length + Sepal. Width) #计算一个或多个新列并删除原列

    6)数据汇总

    summarize()函数实现数据集聚合操作,将多个值汇总成一个值

    summarise(iris,avg = mean(Sepal.Length))

    利用概述函数概括数据,输入数值向量而返回单一数值:

    first 向量的第一个值。

    last 向量的最后一个值。

    IQR 向量的IQR(四分位距) 。

    Min ;Max Mean ;Median ;Var ;Sd等

    summarise(iris, max(Petal.Width), first(Sepal.Width)) #返回数据框中变量的最大值及第一四分位值

    7)数据分组

    group_by函数对数据进行分组后,结合summarize函数,可以对分组数据进行汇总统计。

    Q:按品种分组,分别计算花萼宽度的均方差

    summarise(group_by(iris,Species),sd=sd(Petal.Width))

    8)连接操作符

    dplyr包里还新引进了一个操作符,%>%, 使用时把数据集名作为开头, 然后依次对此数据进行多步操作。

    iris %>%group_by(Species) %>% summarise(sd=sd(Petal.Width)) #iris数据集,按Species分组,汇总Petal.Width的sd值,

    iris %>%group_by(Species) %>% mutate(sepal = Sepal.Length + Sepal.Width)

    9)抽样

    sample_n()随机抽取指定数目的样本,sample_frac()随机抽取指定百分比的样本,默认都为不放回抽样,通过设置replacement =TRUE可改为放回抽样,可以用于实现Bootstrap抽样。

    sample_n(mtcars, 50, replace = TRUE) #随机有重复的取50行数

    sample_frac(mtcars, 0.1, weight = 1 / mpg) #随机无重复的以1/mpg值做权重取10%的数据

    10)数据联结

    dplyr包也提供了数据集的连接操作,如左连接、右连接、内连接等:

    inner_join(x,y,by = NULL)  #内连接,合并数据仅保留匹配的记录

    left_join(x,y,by = NULL)  #左连接,向数据集x中加入匹配的数据集y记

    right_join(x,y,by = NULL)   #右连接,向数据集y中加入匹配的数据集x记录

    full_join(x,y,by = NULL) #全连接,合并数据保留所有记录,所有行

    semi_join(x,y,by = NULL) #返回能够与y表匹配的x表所有记录

    anti_join(x,y, by = NULL)  #返回无法与y表匹配的x表的所有记录

    by设置两个数据集用于匹配的字段名,默认使用全部同名字段进行匹配,如果两个数据集需要匹配的字段名不同,可以直接用等号指定匹配的字段名,如, by = c("a" = "b"),表示用x.a和y.b进行匹配。

    11)数据合并

    dplyr包中也添加了类似cbind()函数和rbind()函数功能的函数,它们是bind_cols()函数和bind_rows()函数。

    注意:bind_rows()函数需要两个合并对象有相同的列数,而bind_cols()函数则需要两个合并对象有相同的行数。


    查看自带的参考资料:vignette(package = "dplyr") vignette("introduction", package = "dplyr")


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