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统计学回顾(精华目录收藏)(statquest+协和八+ NGS

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作者: 土豆学生信 | 来源:发表于2019-08-14 17:50 被阅读10次

    文章转自生信技能树,喜欢多多关注哟!

    原创: 生信技能树

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    统计学是一块的难啃的骨头,所以我们整理了技能树往年笔记,以及一些优秀同行的分享分享给大家,每一篇都值得细细品读!

    如果不学统计学,那么你就不可能看懂下面这图,生物信息学领域耳熟能详的生存分析,主成分分析,差异分析你都无法理解。

    image

    首先是statquest学习小组长笔记

    StatQuest生物统计学专题 - 基础概念

    StatQuest生物统计学专题 - p值

    StatQuest生物统计学专题 - 生物重复和技术重复

    StatQuest生物统计学专题 - RPKM,FPKM,TPM

    StatQuest生物统计学专题 - library normalization进阶之DESeq2的标准化方法

    StatQuest生物统计学专题 - library normalization进阶之edgeR的标准化方法

    StatQuest生物统计学 - Independent Filtering

    StatQuest生物统计学 - FDR及Benjamini-Hochberg方法

    StatQuest生物统计学 - 拟合基础

    StatQuest生物统计学 - 线性拟合的R2和p值

    StatQuest生物统计学专题 - 分位数及其应用

    StatQuest生物统计学专题 - 极大似然估计

    StatQuest生物统计学专题 - PCA

    StatQuest生物统计学专题 - PCA的奇异值分解过程

    StatQuest生物统计学专题 - LDA

    StatQuest生物统计学专题 - MDS

    StatQuest生物统计学专题 - tSNE的基础概念

    StatQuest生物统计学专题 - 聚类及其算法(1)

    StatQuest生物统计学专题 - 聚类及其算法(2)

    StatQuest生物统计学专题 - K近邻算法

    StatQuest生物统计学专题 - 决策树(1)

    StatQuest生物统计学专题 - 决策树(2)

    StatQuest生物统计学专题 - 随机森林(1) 构建与评价

    StatQuest生物统计学专题 - 随机森林(2) R实例

    待续,持续更新

    然后是小组最优秀成员Rvdsd的笔记列表:

    StatQuest学习笔记01-统计学分布及抽样

    StatQuest学习笔记02-样本量与重复

    StatQuest学习笔记03-标准差、标准与置信区间

    StatQuest学习笔记04-拟合

    StatQuest学习笔记05-线性模型

    StatQuest学习笔记06-分位数及其应用

    StatQuest学习笔记07-最大似然法详解

    StatQuest学习笔记08-比数与比数比

    StatQuest学习笔记09-Fisher精确检验

    StatQuest学习笔记10-t检验(视频中是真人讲解,没有课件)

    StatQuest学习笔记11-p值详解

    StatQuest学习笔记12-FDR及实现

    StatQuest学习笔记13-LDA

    StatQuest学习笔记14-PCA

    StatQuest学习笔记15-MDS

    StatQuest学习笔记16-tSNE

    StatQuest学习笔记17-聚类

    StatQuest学习笔记18-K邻近算法

    StatQuest学习笔记19-决策树

    StatQuest学习笔记20-随机森林

    StatQuest学习笔记21-逻辑回归

    StatQuest学习笔记22-交叉验证

    StatQuest学习笔记23-RNA-seq简介

    StatQuest学习笔记24-RPKM FPKM TPM

    StatQuest学习笔记25-差异表达分析

    StatQuest学习笔记26-RNA-seq中的技术重复问题

    接着是协和八统计干货

    第 1 章 高屋建瓴看统计

    你真的懂p值吗?

    做统计,多少数据才算够?(上)

    做统计,多少数据才算够?(下)

    提升统计功效,让评审心服口服!

    你的科研成果都是真的吗?

    见识数据分析的「独孤九剑」

    贝叶斯 vs 频率派:武功到底哪家强?

    第 2 章 算术平均数与正态分布

    数据到手了,第一件事先干啥?

    算术平均数:简单背后有乾坤

    正态分布到底是怎么来的?

    第 3 章 t 检验:两组平均数的比较

    想玩转 t 检验?你得从这一篇看起

    就是要实用!t 检验的七十二变

    不是正态分布,t 检验还能用吗?

    只有 15 个标本,也能指望 t 检验吗?

    样本分布不正态?数据变换来救场!

    数据变换的万能钥匙:Box-Cox 变换

    t 检验用不了?别慌,还有神奇的非参数检验

    只讲 p 值,不讲效应大小,都是耍流氓!

    找出 t 检验的效应大小,对耍流氓 say no!

    用置信区间,就是这么(不)自信!

    如何确定 t 检验的置信区间

    优雅秀出你的 t 检验,提升 Paper 逼格!

    要做 t 检验,这两口毒奶可喝不得!

    第 4 章 方差分析(ANOVA):多组平均数的比较

    要比较三组数据,t 检验还能用吗?

    ANOVA 在手,多组比较不犯愁

    ANOVA 的基本招式你掌握了吗?

    ANOVA 做出了显著性?事儿还没完呢!

    听说,成对t检验还有 ANOVA 进阶版?

    重复测量 ANOVA:你要知道的事儿都在这里啦

    没听说过多因素 ANOVA ?那你就可就 OUT 了!

    多因素 ANOVA=好几个单因素 ANOVA?可没这么简单!

    两个因素相互影响,ANOVA 结果该如何判读?

    ANOVA 还能搞三四五因素?等等,我头有点儿晕

    要做 ANOVA,样本量多大才够用

    第 5 章 线性回归:统计建模初步

    车模航模你玩过,统计学模型你会玩吗?

    如果只能学习一种统计方法,我选择线性回归

    回归线三千,我只取这一条

    三千回归线里选中了你,你靠谱吗?

    自变量不止一个,线性回归该怎么做?

    找出「交互效应」,让线性模型更万能

    天啦噜!没考虑到混杂因素,后果会这么严重?

    回归系数不显著?也许是打开方式不对!

    评价线性模型,R 平方是个好裁判吗?

    如果R平方是砒霜,本文教你三种解药!

    线性模型生病了,你懂得怎样诊断吗?

    「脱离群众」的数据点,是「春风化雨」还是「秋风扫落叶」

    第 6 章 广义线性模型:统计建模进阶

    你在 或者不在 需要逻辑回归来算

    逻辑回归的袅娜曲线,你是否会过目难忘?

    逻辑回归的统计检验,原来招数辣么多?

    线性回归能玩多变量,逻辑回归当然也能!

    喂,你的逻辑回归模型该做个体检啦

    逻辑回归能摆平二分类因变量,那……不止二分类呢?

    让人眼花缭乱的多项逻辑回归,原来是这么用的

    只问方向,无问远近,定序回归的执念你懂吗?

    包教包会:定序回归实战

    「数」风流人物,还靠泊松回归

    广义线性模型到底是个什么鬼?

    自检

    妈妈说答对的童鞋才能中奖

    统计学的十个误区,你答对了吗?

    番外篇

    说人话的统计学:一份迟来的邀请

    最后还有已经停更的NGSHotpot机器深度学习生信

    1. Importance of being uncertain

    2. Points of Significance: Error bars

    3. Points of Significance: Significance, P values and t-tests

    4. Points of Significance: Power and sample size

    5. Points of Significance: Visualizing samples with box plots

    6. Points of Significance: Comparing samples – part I

    7. Points of Significance: multiple-testing correction

    8. Points of Significance: 非参数检验

    9. Points of Significance: 对照实验设计

    10. Points of View: Analysis of variance and blocking

    11. Points of Significance: 贝叶斯公式

    12. Points of Significance: 贝叶斯统计

    13. Points of Significance: 贝叶斯网络

    14. Points of Significance: Association, correlation and causati

    15. Points of Significance: 一元线性回归

    16. Points of Significance: 多元线性回归

    17. Points of Significance: Analyzing outliers: influential or n

    18. Points of Significance: Regression diagnostics

    这个NGSHotpot机器深度学习生信公众号负责人已经各奔东西,创始人也去了华为,估计是不会再更新了,大家以后学生物信息学只能看我们生信技能树啦,持续输入五年,领域内没有对手!

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    更有大量的学习笔记在“生信技能树论坛”的“统计学板块”👇

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    之所以如此重视笔记输出,正如当时发起学习小组时所言:

    在学习一门知识而又无法高频率的使用时,那么“学完就忘”的概率高到让它不像是一个随机事件。而记笔记是学习一门新知识非常重要的手段,它恰恰是抵抗“学完就忘”的法宝。

    笔记输出其实也是从原理层到应用层转变的一种模式,学习很容易,自以为懂了也很容易,但是要讲清楚却不容易,写下来也不容易,写好更不容易,完成一篇笔记也许需要10篇参考文。

    输出笔记既是知识点的总结和记录,以便于整理、学习和复习,又是思维层面的转换,是从被动学习到主动输出的过程。

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    第1-11站北上广深杭,西安,郑州, 吉林,武汉,成都,港珠澳(全部结束)

    一年一度的生信技能树单细胞线下培训班(已结束)

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