tassel关联分析

一，准备文件：
1.hmp

rs#     alleles chrom   pos     strand  assembly#       center  protLSID        assayLSID       panel   QCcode  1       2       3       4       5       6       7       8       9       10      11      12      13
rs2     A/C     105     1       +       NA      NA      NA      NA      NA      NA      CC      NN      CC      CC      CC      CC      CC      CC      NN      CC      CC      CC      CC      CC      CC      CC
rs3     C/T     105     2       +       NA      NA      NA      NA      NA      NA      CC      NN      CC      CC      CC      CC      CC      CC      CC      CC      CC      CC      CC      CC      CC      CC
rs4     A/C     105     3       +       NA      NA      NA      NA      NA      NA      CC      CC      CC      CC      CC      CC      CC      CC      CC      CC      CC      CC      CC      CC      CC      CC
rs5     C/G     105     4       +       NA      NA      NA      NA      NA      NA      CC      CC      CC      CC      CC      CC      CC      CC      CC      CC      CC      CC      CC      CC      CC      CC

12列后接样本

2.表型形状

<Trait> sex
1   0
2   1
3   1
4   0
5   0
6   0
7   1
8   0
9   0

第一列是样本编号，第二列开始接表型形状

二，启动tassel

图片.png

三，导入数据
hmp文件

图片.png 图片.png
图片.png

导入性状数据

图片.png 图片.png

转化成tassel可以识别的格式

图片.png
图片.png

四，关联分析
GLM模型
选择hmp文件和转化后的性状文件合并，生成表格。

图片.png
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选择合并后的表
图片.png
图片.png

结果文件

图片.png

MLM模型
先生成K-ship表

图片.png
图片.png

选择两个表进行分析

图片.png
结果文件
图片.png

四，结果文件后处理
截取第一二七列，对第七列p求-log(p)。
结果如下

图片.png