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【百篇>>生信】01.ROS评分+乳腺癌|2022

【百篇>>生信】01.ROS评分+乳腺癌|2022

作者: 高大石头 | 来源:发表于2022-03-17 11:11 被阅读0次

    看文献偶然发现一位大神,简直是行走的SCI机器。下面就来逐渐学习下这位大神的文章。


    首先来学习这篇近期发在预印本上的生信文章:
    题目:Abundance of reactive oxygen species (ROS) is associated with tumor aggressiveness, immune response and worse survival in breast cancer

    1.整体思路

    2.结果解读

    2.1 高ROS评分与细胞增殖和肿瘤前通路

    作者通过GSVA方法计算ROS评分,再根据ROS score分为高低两组,再进行GSEA分析。


    Fig.1

    2.2高ROS评分与免疫相关通路有关

    肿瘤分为肿瘤及其周围环境,作者巧妙的利用GSE75688单细胞基因集,说明ROS score主要是在肿瘤细胞中产生。随后再次用GSEA分析结果说明高ROS评分与免疫通路相关。(与热点联系!!!)


    Fig.2

    2.3高ROS评分与免疫细胞浸润+CYT有关

    既然ROS评分与免疫通路有关,那么与免疫细胞浸润是不是有关呢?
    带着这个问题,作者用xCell方法探讨了ROS评分与免疫细胞浸润之间的关系,稍带着看了下其与CYT之间的关系。


    Fig.4

    2.4 高ROS评分与肿瘤新抗原关系

    肿瘤新抗原对肿瘤治疗的指导意义比较大,那么具体跟ROS评分之间的关系如何?
    作者随后探讨了他们之间的关系。


    Fig.5

    2.5 ROS评分与临床特征

    上面已经表明ROS评分很重要,从临床的角度又会是怎么样?作者随后将TNM、分型和预后联系起来,再次说明ROS评分很重要。


    Fig.6
    Fig.7

    3.感悟

    本文提取Hallmark中的ROS评分,区分高低两组,然后一顿操作说明ROS评分与肿瘤细胞增殖、免疫、不良预后密切相关,我们需要特别重视ROS评分,就这样啦。
    怎么说呢,整体文章比较干,如果有点湿实验的会不会更好一点?那到底怎么验证呢?如果有好的验证思路,也可以一起交流交流。
    声明:本文仅供学习交流用,禁止用于商业用途,如有侵权,请联系删除。
    参考链接:
    Abundance of reactive oxygen species (ROS) is associated with tumor aggressiveness, immune response and worse survival in breast cancer

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