同源重组缺陷评分（HRD score）是乳腺癌（BRCA）研究的热点区域，如果跟免疫扯上关系呢？下面就来学习下这篇HRD score+单基因CXCL10+乳腺癌高分文章吧。
整体思路
结果解读
1.HRD很牛
分别计算HRD、MSI和FGA，发现HRD与BRCA预后密切相关，对判断BRCA预后预后很有价值。
Fig.1
2.HRD相关基因
作者根据HRD评分，分别计算HRD评分前20%和后20%病人的差异基因，发现 cGAS-STING下游的基因与HRD评分密切相关，特别是CXCL10和CXCL11。且CXCL10和CXCL11与预后密切相关。在GEO数据库中同样证明CXCL10和CXCL11与预后的关系。
Fig.2
Fig.3
3.CXCL10周边
至此由HRD score顺利转到了CXCL10单基因分析。
3.1 CXCL10与免疫微环境（TME）
计算CXCL10与ESTIMATE 评分、肿瘤新抗原、免疫细胞浸润和抗原相关基因的关系。
Fig.4
3.2 CXCL10与ICB相关基因
CXCL10表达与ICB相关基因之间的相关性，以及与常见的10个ICB基因在泛癌中的相关性。
Fig.5
3.3 CXCL10与免疫治疗反应、免疫亚型、TME和肿瘤新抗原
作者利用实验检测在耐药细胞株中的随着不同时间点CXCL10的表达。并利用外部数据集Imvigor210检测CXCL10对免疫治疗的预测作用。同时检测CXCL10表达与TMB、肿瘤新抗原和肿瘤免疫亚型的关系。
Fig.6
3.4 CXCL10与临床特征的多因素分析
最后作者计算CXCL10表达与其他临床特征之间的多因素分析。
Fig.7
体会
- 作者由HRD score引入CXCL10基因，并进行单基因分析，结合HRD score+CXCL10+免疫多个热点分析，值得学习。
2.CXCL10的单基因分析还是相当精彩的。
3.类似的HRD其实可以推广到其他肿瘤比如前列腺癌等。
彩蛋：
其实专门有一篇专门研究泛癌HRD的文章，可以利用起来计算HRDscore. Pan-cancer landscape of homologous recombination deficiency
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