学习目标：

• 在linux环境下指定文件夹中下载并安装miniconda 并激活
• 添加生物信息相关的conda镜像
• 用conda 搜索指定软件
• 用conda 安装 卸载 指定软件
• 查看conda 环境
• 创建新的conda 环境并激活该环境

first step 下载、安装、激活conda

下载conda软件当然是在家目录下 新建个biosoft文件夹（mkdir biosoft）

#mkdir biosoft
cd biosoft
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #下载
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #安装
source ~/.bashrc  #激活

second step 添加下载channels

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

third step 查找软件

conda list #查看当前所有conda中可用软件列表
codna search fastqc #查找fastqc软件

fourth step 用conda 安装、卸载软件(以fastqc为例）

conda install fastqc -y #  安装 “-y的意思是自动安装“”
conda remove fastqc -y #卸载

查看conda环境

conda info --envs #前面带*的说明是目前默认使用的环境

创建conda环境并安装指定版本的软件

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic  -y

再次输入conda info --envs发现多了个rna-seq的环境。

image.png
输入conda active rna-seq可以激活该环境，注意激活前后*的位置变化。
image.png
此时可以输入fastqc试试，出现一屏帮助信息说明可以用了。